Сосчитать все звезды...

[olnud]

Все мы, зоологи беспозвоночных, плывем на своих разномастных лодочках, рассекая таксономическую гладь неописанного и неизученного. У кого-то есть свое «озеро», у кого-то - «бухта», а кто-то выбрал «залив» неизведанного. Энтомологи бороздят безбрежный «океан» с тысячами и тысячами новых видов, не зная, сколько их на самом деле. Поэтому для меня

Comments

[aosypov]

Кажется, биоинформатика - это последняя надежда таки объять необъятное, других не осталось. Вот только полевой секвенатор доделают ;)

[olnud]

Это глубокое заблуждение. Ну получите вы 10 млн. сиквенсов разных видов - и что дальше? Людей (я не пишу ученых - это могут делать студенты и лаборанты), которые готовы секвенировать все подряд, сейчас на порядок больше, чем специалистов, способных определить к какому виду принадлежит тот или иной сиквенс.
П.С. Кстати, полевые секвенаторы уже есть.

[aosypov]

"было бы величайшей ошибкой думать"
В. И. Ленин, ПСС, 5-е изд., М.: Издательство политической литературы, 1967, т. 42, стр. 74

Я не готов изложить тут полную (да, по-честному, и краткую тоже) программу исследований, которые станут возможными после появления настоящих дешевых полевых секвенаторов + развития адекватной информационной инфраструктуры для обработки их данных.

Из понятного быстрого и простого (терминология, конечно, условна до беспредельности) - "дерево" по всем сиквенсам с привязками к типовым экземплярам, которые есть, и дополнением "из полей". Автоматическая идентификация образцов, в том числе количественная массовых экологических проб, в том числе средовой ДНК. Эколого-биохимическая реконструкция организмов (сначала - живых, потом - предков). Морфологическая реконструкция организмов и онтогенезов (то же).

Я надеюсь дожить до предпоследнего пункта ;)

[olnud]

Понятно, что для получения грантов можно декларировать что угодно. Типовые образцы существуют далеко не для всех видов и далеко не все типовые образцы пригодны для выделения ДНК. Это может отсечь пятую часть описанных насекомых.

[aosypov]

Нет, для получения грантов сейчас этого нельзя декларировать, это будет не авантюризм даже, а жульничество. Даже миллиарды просить на фабрику секвенаторов, чтобы засунуть туда только доступные образцы ан масс, не стоит. Немного лет прогресса технологии - и эта задача станет доступной без такого разбазаривания средств.

Что до отсечения - да, отсечется. Такое происходит при любой инвентаризации, если Вам это слово о чем-нибудь говорит ;)

[_hellmaus_]

Я как раз имею дело с ДНК-баркодингом мелких беспозвоночных (нематоды, копеподы) и там есть много семейств, для которых до сих пор в базе данных ни одного сиквенса. Не говоря уже о родах.

Эколого-биохимическая реконструкция и морфологическая реконструкция по одним только сиквенсам - извините, фантастика. Скорее даже ненаучная.

Полевой секвенатор полезен не для зоологов, а для потребителей зоологии (экологи, лесное и рыбное хозяйство, таможня, ветконтроль, эпидемиология). Им сильно сэкономит время возможность засунуть объект в прибор и получить ответ "вид такой-то" или "неизвестный вид такого-то рода".

[vasja_iz_aa]

зачем биологу тащить в поле секвинатор если можно послать образец в лабораторный сервис? я понимаю у медиков-эпидемиологов может быть какая то срочность в часовой шкале, им хочется сеkвинатор в том же вертолете. может еще есть особые случа... но в общем то -- вроде незачем. стационарный прибор заведомо точнее и дешевле

[olnud]

Имеется в виду секвинатры, которые "на месте" позволят отсеет известные виды и выявить что-то новое + просто определить то, что собрали. Например, на маломерном судне.

[aosypov]

> Эколого-биохимическая реконструкция и морфологическая реконструкция по одним только сиквенсам - извините, фантастика. Скорее даже ненаучная.

Согласен, что звучит похоже. Примерно так же, как передача химии в ведение вычисления квантово-механических характеристик молекул и комплексов. Но дайте помечтать мне кажется, тут все же теоретическая сложность ниже - хотя, говорят, квантовые компьютеры разрабатываются (и химии таки может прийти каюк), а в затронутой области слишком велик объем эмпирики в силу историзма системы.