Немного о стрекающих. 2. Призрак бродит по России...

[olnud]

Есть вещи, которые раздражают книдариологов столь сильно, что о них лучше не вспомнить. Самым неприятным воспоминанием для них являются кишечнополостные или Coelenterata. Эту группу в 1847 г. установил Лейкарт, включив в нее книдарий и гребневиков - те и другие долго рассматривались как подтипы кишечнополостных. В 20 веке гребневиков выделили в

Comments

[sharov43]

Рибосомальных генов много и они дублируются. Не рибосомальные особенно единичные по идеи должны "обрубать концы": то есть промежуточные варианты единичного гена при длительной эволюции должны исчезать. При таком исчезновении возникает большой аналитический шум. Другими словами, то что легко показать у грызунов, наверное, трудно показать у книдарий и гребневиков. Чисто теоритически нейтральная эволюция должна все перемешать.

[olnud]

А Вы знакомы с теорией эволюцией генома? Поделитесь, пожалуйста, ссылками)) А то я впервые слышу о том, что некто разгадал, как изменялся та или иная часть генома в ходе длительной эволюции...

[sharov43]

Это мои мысли.
В лингвистике нельзя проследить язык предков до определенной исторической глубины. Шум изменчивости мешает.
По генетике, об этом где-то писал Кунин.
Если скорость мутаций прямых и обратных мутаций одинакова и они случайны. То должен быть временной срок, когда не возможно будет определить историческую связь двух исходно единых геномов. Чем меньше геном, тем меньше этот срок.
Разница рибосомальных и нерибосомальных генов говорит в пользу этого.
Что этому может помешать? Только кластеры однозначных триплетов, мутации которых летальны.

[olnud]

В лингвистике есть определенные правила и законы эволюционных изменений, которые разработаны на анализе изменений разных языков за последние 500-1000 лет.

[ext_1210184]

Рибосомальные гены они вообще сомнительны для филогении далеких таксонов. С одной стороны, их консервативные домены находятся под жутким отбором, с другой неконсервативные настолько неконсервативны, что уже в пределах семейства можно уже ничего не понять. В соседних родах случаются значительные перестройки, где гарантированно ничего не выровнять и остается только выкидывать неконсервативное из анализа... или врать про то, что эту абракадабру получилось выровнять (что обычно и делается). А при сравнении книдарий и гребневиков... там же и следов эволюции в рибосомальных генах нет. Спекуляции всё эти филогении и отрыжка научной индустрии. Если честно, я даже не понимаю как можно по сиквенсам отследить дальние филогенетические отношения - там ведь будто один пишет, а другой следом ластиком написанное затирает. А третий по отсавшейся мазне пытается наделать гипотез. Хотя, я пока верю в Мороза и его геномы - просто потому, что хочется во что-то верить. Да и вообще дядька умный

[olnud]

Повторю то, что писал другим: на обоих деревьях отношения между остальными группами более или менее сходны, т.е. здесь явно "не работает" непригодность - пригодны.
По поводу П.С. - читайте саму статью: именно запихивают и анализируют (не NJ, а байесовскими и прочими алгоритмами, но суть от этого не меняется). Об этом я писал в контексте статьи Балакирева http://olnud.livejournal.com/90834.html

[ext_1210184]

Вообще ничего не понял из сказанного. Геномы целиком никуда не запихивают для анализа байесовскими и прочими алгоритмами - нет у человечества для этого ни софта, ни компьютеров. Да и не для этого секвенируют геномы. А статьи ЕС да, прикольные, интригующие и заставляют подумать - но мне всегда нравится наблюдать как он уходит от вопросов, касающихся биологии исследуемых видов. Априорным допущением становятся слова водолаза, собравшего материал. Сказали попросили собрать мелкую с отмелей и крупную с глубины - собрал. Попросили еще и что-то промежуточное - тоже собрал. Ежа нудуса с севера Приморья - запросто, лишь бы отстали! :)))) И пример с сахаринами раздут на пустом месте, полагаю - там ничего не доказано. Вполне могла быть методическая ошибка, но этот момент тактично обошли и замолчали. Так, я от ЕС и не добился, что у сахарин брали за источник ДНК. Поэтому подозреваю, что там было амплифицировано еще пяток царств кроме бурых водорослей. Оттого и открыли химеру, "свидетельствующую" о горизонтальном переносе половинки гена COI.

[_hellmaus_]

Ага, при попадании в ПЦР разных ДНК такие химеры иногда получаются. В моей практике была химера из рРНК нематоды и грибов.

[sharov43]

"А при сравнении книдарий и гребневиков... там же и следов эволюции в рибосомальных генах нет. Спекуляции всё эти филогении и отрыжка научной индустрии. Если честно, я даже не понимаю как можно по сиквенсам отследить дальние филогенетические отношения - там ведь будто один пишет, а другой следом ластиком написанное затирает. А третий по отсавшейся мазне пытается наделать гипотез. Хотя, я пока верю в Мороза и его геномы - просто потому, что хочется во что-то верить. Да и вообще дядька умный"

ЖЖёте!!! Я бы так не сформулировал :)

[_hellmaus_]

Дублируются гены рибосомных РНК, а в приведенном дереве использованы гены рибосомных белков, они не дублируются.

[sharov43]

Спасибо, что открыли глаза аспиранту Спирина.
Вот вам про не дублируются.
http://www.rjbc.ru/arc/25/6/0450-0463.pdf

[_hellmaus_]

Ок, они дублируются в гораздо меньшей степени, чем рибосомные РНК, которых по сотне практически идентичных копий на геном. Когда несколько лет назад я искал гены рибосомных белков в геномах животных, там, как правило, функциональные паралоги были у 2-5 генов из всего набора, причем у разных животных - разные.

[sharov43]

РНК таки транскрибируются, а белки транслируются с матрицы. Естественно, что генов для белков должно быть меньше.
Про ложное аннотирование: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=490862&hl=