Хотела пост написать, но вынесу просто из комментариев. Много вопросов про это. Чем формообразующие суффиксы отличаются от окончаний. Кратко если: окончания связывают слова в предложении, а формообразующие суффиксы для связи не служат. А вот подробнее:
Про окончание точнее было бы сказать, что это значимая часть слова, которая изменяет форму слова, чтобы связать слова в предложении. Вот окончание -ая мы выбираем для прилагательного, чтобы связать его с существительным женского рода (хорош-ая погода), окончание -ешь глагола в настоящем времени возьмём, чтобы связать со вторым лицом (со словом ты - пишешь). И это даже не мы выбираем - язык за нас выбирает, тут мы не вольны делать выбор.
Словообразовательные же суффиксы выполняют несколько другие функции.
Суффикс -л- или суффикс -айш- для превосходной степени прилагательного мы выбираем не для того, чтобы связать слова в предложении, а для того чтобы обозначить некоторые внелингвистические категории. Например, "ветер дул" и "ветер дует". И там, и там слова связаны друг с другом с помощью окончания: в случае дул - это нулевое окончание, указывающее на мужской род и единственное число, чтобы сочетаться со словом "ветер", а во втором случае - окончание -ет указывает на единственное число и третье лицо, что тоже позволяет связать это слово именно с существительным ветер. А вот суффикс -л- прошедшего времени такую функцию не несёт: он обозначает время: то, что никак не связано с другими словами в предложении, а то, что носитель языка выбирает, чтобы обозначить внелингвистическую ситуацию, которую он описывает.
То есть окончание - это морфема, образующая формы для связи слов в предложении, а словообразовательные суффиксы - это морфемы, отражающие формы слова, не относящиеся к функциям связи, а выражающие, например, внелингвистические факты.
Ну вот я знаю, что слово "стол" будет требовать от глагола окончания единственного числа, независимо от того, что я хочу сказать. А вот выбор суффикса -л- зависит от меня, от того, как я хочу отразить происходящее. Понимаете?
Это на самом деле очень любопытно.
Но ни окончания, ни формообразующие суффиксы не входят в основу, потому что и те, и другие отражают грамматические формы языка. Просто есть будто несколько слоёв, уровней. Слой окончаний - более детерминирован языковыми законами сочетаемости слов в языке, а слой времени, например, или превосходной степени - это грамматические категории, которые помогают говорящему выбрать формы, подходящие под его речевые потребности в данный момент.
А вот две хороших ссылки про окончание и про словообразовательные суффиксы (про основу на этом ресурсе, к сожалению, не очень удачная статья):
http://www.genon.ru/GetAnswer.aspx?qid=dbe5ef76-7027-4878-bbd5-2fe43225b627http://www.genon.ru/GetAnswer.aspx?qid=ab034ca0-9483-4cfd-8d69-33bfef0b37d4