Понять клетку

[nature_wonder]

Один из основателей молекулярной биологии, нобелевский лауреат Sydney Brenner может себе позволить говорить, не сглаживая углы.

Q: You have been critical of the Human Genome Project.Just having the human genome sequence is useless. I always used to say we should treat the sequencing of the human genome like income tax: It’s criminal to evade it,

Comments

[vladimirpotapov]

Спасибо. Отрезвляет. А то ведь некритично, на веру воспринимаешь: грандиозный проект, большой успех...

[nature_wonder]

Потратили несколько млрд. долларов...Иначе как в терминах "большого успеха" рассуждать об этом довольно рискованно - в следующий раз могут просто послать с финансированием. Так что некоторым приходится теперь делать мину...

Бреннеру уже ничего не нужно доказывать. Ну и, конечно, он бы предпочел получать финансирование на свои проекты.

[esya]

компостирует он мозги публике, получив последовательность - мы получили инструмент для построения гипотез и постановки осмысленных экспериментов, и это громадное достижение. Несмотря на мой собственный детский скептицизм 20-летней давности, когда я сама говорила, ну просеквенируют и что? Теперь знаю, что две большие разницы. И какой мудрый шаг уговаривать богатеев секвенироваться - очень сильно, получим выборку, информация не удвоится, но мы будем видеть общее и закономерности, технологии будут развиваться, цена падать.
Умно.

[nature_wonder]

рад, если удалось увидеть закономерности.

[krlz]

Мне кажется что он не прав. Все таки расшифровка геномов дала много новой информации о том, как что и когда менялось в процессе эволюции.

К тому же насчет того что большая часть его джанк. Это не является правда. IBM проводила анализ последовательности, и то, что она случайна сказать нельзя, а значит мы еще что-то не знаем.

[nature_wonder]

деньги выделялись не на то, чтобы узнать "как что и когда менялось в процессе эволюции", а совсем на другие цели.

Бреннер не говорит, что расшифровка не нужна - он говорит, что есть вещи, более актуальные на данном этапе. Сиквенс можно делать, когда он станет технологически значительно дешевле.

[esya]

он не станет дешевле, если не продолжать секвенировать

[nature_wonder]

это очень сложная для меня логика.

[ex_toxa_mus]

На мой взгляд, вынесенная цитата - не более чем привлекающая внимание попса; в том смысле, что конечно же не бесполезна последовательность Генома, и Бреннер это, я думаю, понимает. Молекулярная онкология, филогенетика, фармакогенетика--навскидку области, которые без полной последовательности ну никуда бы не ушли. Последовательнось Генома большая, как БСЭ, и поэтому к ней можно соотносить новое, строить на ней. Ну вот увидел ты, что новый ген очень занимательно экспрессируется - а куда это засунуть? А что этот ген обычно делает? А он один такой, или их много, как киназ нерезанных? А так пожалуйста--пробил по БЛАСТУ: вот он весь геном там, подписанный и разобранный.

Но вот, что на самом деле хочет сказать Бреннер (на Амбионе): на голых фактах науку не продвинешь, надо осмыслить.

I think the first big problem is exactly how are we going to get all this data (from the human genome project) into knowledge? I think that is the thing that has become the great challenge. I believe it will have to be done by experiments. I don’t believe in

[nature_wonder]

Вы абсолютно правильно поняли мессидж.
Вынесенная цитата - такая же прямая речь Бреннера, как и остальные слова интервью. Я не вижу противоречия между ними.
Кстати, вопрос "А что этот ген обычно делает?", Бреннер, скоерее всего, сочтет неадекватным. Genes don’t have function, per se.

При этом, наиболее важным в этом посте являются ссылки на лекции.

[ex_toxa_mus]

противоречия нет, но месидж вынесенной цитаты: "вот все говорят: HGP то, ЧГП се, а я говорю--фигня это все". Очень правильный ход, чтбы привлечь внимание на лекции. Основной цель второго высказывания--рассказать о сути проблемы. В контексте Вашего поста, поставить что-то легенькое и бросающееся в глаза в сам пост, а остальное в ссылках--опять же очень правильный ход. За это Вас и читаю, спасибо :)

Да, по определению, может, и не имеют гены функций сами по себе. Но я ведь про этот ген думаю а) в контексте конкретной ситуации (организма, стадии развития, клетки итд), б) еще и держа в уме конкретную его экспрессию в этой ситуации. И получается определенная функция, исполняемая, конечно, белком, с помощью других белков, и всем остальным. И исходя из этого, помня это, ты и задаешь вопрос: what does it do there? Так говорят, так пишут (gene function--расхожее выражение), так думают. А что там в учебниках написано--да какая разница?

[nature_wonder]

вот, сдается мне, этот путь он считает ложным. Он предлагает думать на уровне молекулярных комплексов, а не молекул (или даже их частей - генов).
Хотя, может быть, я просто не полностью вас понимаю. Посмотрите транскрипт лекции, там он разворачивает мысль.

[esya]

я его вживую слушала, то ли он не в ударе был, то ли лекция была для всех - не впечатлил

[nature_wonder]

Бреннер уже как Мона Лиза - может сам выбирать, кого ему впечатлять...:)

Те, что выложены, на мой взгляд хороши. Правда, они из категории "для всех".

[esya]

я знаю, но считать что он интеллектуальный центр этого проекта - сильное преувеличение, он - рекламный плакат и впечатлять должен всех :) Именно поэтому он меня и не впечатлил :) Мне не плакат был нужен, а мозг :)

[nature_wonder]

Про какой проект вы говорите, не совсем понимаю.
То, что у Бреннера с мозгом все в порядке, даже в таком возрасте, несложно убедиться.
Но, возможно, он говорит какие-то вещи, которые вы не принимаете.

[michael_popov]

Спасибо за ссылки. Бреннер правильно делает, что будит мысли типа "а действительно, нахрена?". Нахрена параллельно с грантоедским HGP расшифровкой занялась Celera Genomics, вполне себе коммерческая компания?

[nature_wonder]

причем Вентер сделал это гораздо дешевле. Теперь уже занялся другими вещами.

Мысль Бреннера: было бы больше толку, если б часть миллиардов бросили на построение теоретической концепции клетки. Это даст больший эффект, нежели россыпи геномов без понимания.

[michael_popov]

С другой стороны--Celera использовала уже наработанный в HGP материал.
А мысль Бреннера неосуществима при нынешней схеме финансирования науки: заранее представить, как сделать качественный скачок нельзя. А секвенирование--вполне себе индустриальный подход с понятным процессом и предсказуемыми результатами.

[nature_wonder]

да. нынешняя схема такова. Потому и накапливают data...