Св. Ігнатій залишив по собі багато настанов, що стосуються Церкви. Саме він першим використав термін «Католицька Церква», маючи на увазі всіх вірних разом. З його праць випливає, що кожній Церкві притаманна цілісність. Церква складається з єпископа, священиків і вірних.
Єдність Церкви засвідчує особа єпископа. Наведені нижче вибрані уривки з творів св. Ігнатія проливають світло на ту любов і шану, які він відчував до Церкви. Благаю тебе, намагайся робити все у божественній гармонії; єпископ посідатиме місце Бога, священики - місце зібрання апостолів, а дияконам - вони для мене найдорожчі - буде ввірено служіння Ісуса Христа.
Його породив Отець перед початком часів; Він - Бог Слово, єдино-рожденний Син, і залишатиметься таким повік, бо «Його царству не буде кінця», як говорить пророк Даниїл. Любімо ж один одного у мирі й злагоді, і нехай не буде поміж нами нічого, що могло б нас розділити; єднайтеся зі своїм єпископом, і через нього наближайтеся до Бога у Христі.
(До магнезян, VI, І)
Дивіться ж, ідіть усі за своїм єпископом, як Ісус Христос ішов за Отцем. Наслідуйте священиків, як наслідували б апостолів; вшановуйте дияконів, їх-бо призначив сам Бог. Нехай жодна людина не зробить нічого, пов'язаного з Церквою, без відома єпископа. ...Куди б не подався єпископ, нехай бачить біля себе безліч люду; там, де є Ісус Христос, там є і Католицька Церква.
(До смирнян, VIII)
Уважайте, щоби приймати лише одну Євхаристію. Бо є одна плоть нашого Господа Ісуса Христа і одна чаша, якою виказуємо єдність з Його кров'ю; є один вівтар, бо є один єпископ зі священиками і дияконами, моїми прислужниками; тож, що б ти не робив, маєш робити це у згоді з волею Господа.
(До філадельфійців, IV)