Хрен стал распространяться по материку из южной части России. Обычно его считают российским лекарственным растением, поскольку в других европейских странах его долгое время не выращивали.
Ранние записи указывают на то, что хрен произрастает в регионах с умеренным климатом Восточной Европы и Западной Азии, где встречаются дикорастущие виды, произрастающие от Финляндии и Польши до регионов вокруг Каспийского моря и пустыни Кумания (ныне Румыния) и Турции.
В "О сельскохозяйственной культуре" (около 160 г. до н.э.), написанной Марком Порцием Катоном (234-149 гг. до н.э.), даются практические инструкции для фермеров. Он описал, как сеять и выращивать “редьку”, которая использовалась римским народом в пищу и в медицине.
Хрен использовался для определенных целей в различных культурах по крайней мере последние 4000 лет. Еще за 1500 лет до Рождества Христова египтяне знали о нем, а греки использовали его при болях в спине и как афродизиак.
В 14 веке его начали выращивать немцы, а в 16 веке - французы и британцы, которые выращивали его только как лекарственное растение. Из-за определенного сходства во вкусе хрена и самой редьки это лекарственное растение раньше приравнивалось.
В эпоху Возрождения потребление хрена распространилось из Центральной Европы на север в Скандинавию и на запад в Англию. К концу 1600-х годов хрен был стандартным гарниром к говядине и устрицам среди британцев.
Английское слово horseradish, по-видимому, происходит от немецкого слова meerettich или морская редька; meer (море), вероятно, было воспринято англичанами как mähre, старая лошадь.
Впервые термин ‘хрен’ был использован Джоном Джерардом в его знаменитой английской травяной книге (1597), которая содержит длинную статью с гравюрой на дереве и четким описанием растения.
Первое действительное опубликованное научное название хрена, которое произошло от родового названия Armoracia, было A. rusticana в 1800 году, составленное Гертнером, Мейером и Шербиусом.
Хрен был завезен в Соединенные Штаты из Европы первыми поселенцами в 1600-х годах и стал популярным в садах штатов Новой Англии к началу 1800-х годов.
В середине 1800-х годов иммигранты, живущие на северо-востоке Иллинойса, посадили хрен с намерением продавать корни на коммерческом рынке.