Фраза шарашкина контора (или шарага) возникла в живой разговорной речи, как символ ненадежного и подозрительного предприятия или организации, с которой не стоит связываться. А истоки этого выражения берут свои корни из тюремного жаргона СССР.
Слово "шарашка" произошло из диалектного "шарань" - шваль, голытьба, жулье. Так эаключенные называли НИИ и КБ тюремного типа, подчинённых НКВД/МВД СССР, в которых отрабатывали наказание учёные, инженеры и техники. В системе НКВД они именовались «особыми техническими бюро» (ОТБ), «особыми конструкторскими бюро» (ОКБ) и тому подобными аббревиатурами с номерами.
Условия содержания работников мало чем отличались от тюремных, да и за невыполнение плана грозило не лишение премии,а новый срок или расстрел.
Через шарашки прошли многие выдающиеся советские учёные и конструкторы. Основным направлением ОТБ была разработка военной и специальной (используемой спецслужбами) техники. Множество новых моделей военной техники и вооружений в СССР были созданы заключёнными шарашек.
Источник