Мария Франциска родилась 1 января 1634 года в Валлерштейне. Её родителями были граф Мартин Франциск Эттинген-Балдернский (1611-1653) и Изабелла Элеонора Гельфенштейн-Визенштейгская (1614-1678). Отец принцессы в это время служил в баварской армии. Вскоре после рождения Марии Франциски он участвовал в сражении при Нёрдлингене, а затем вернулся в свои владения. В 1640 году у принцессы появился младший брат Фердинанд Максимилиан, в будущем наследовавший графский титул. По прямой женской линии Мария Франциска была потомком Элеоноры Аквитанской.
Портрет 1641 года из Лобковицского дворца в Праге
12 июня 1653 года принцесса вышла замуж за графа Крафта Адольфа Оттона Кронберг-Гогенгерольдсекского (1629-1692). У них было 4 ребёнка, которые умерли в младенчестве. Мария Франциска умерла в Аугсбурге 9 ноября 1686 года.