Великая княгиня Елизавета Федоровна всегда относилась с огромной симпатией к делу создания Музея Изящных Искусств. Свое участие и помощь Музею она начала с оплаты Ассирийского зала, который получил ее имя. Еще в 1895 году она подарила университетскому Музею образцы керамики Древней Америки. И в дальнейшем нередко Клейн и Цветаев прислушивались к ее мнению по оформлению Музея. 27 июля 1901 года, когда решался вопрос о цвете колонн главной лестницы, Цветаев писал Нечаеву-Мальцову: "В подборе цветов примет, я уверен, наибольшее участие Елисавета Федоровна как художник сама."
После смерти Великого Князя Сергея Александровича встал вопрос о том, кто заменит его на посту Председателя Комитета по устройству Музея. "Меня целый день спрашивали, кто теперь будет Председателем нашего Комитета. - пишет Цветаев 5 февраля 1905 года. - Назывались три имени: Великой Княгини Елизаветы Федоровны, Ваше и принцессы Ольденбургской Евгении Максимильяновны." Все надеялись на то, что Елизавета Федоровна согласится, "она продолжит и завершит любимое дело почившего (Великого князя) блистательно, в силу положения своего в царской семье."
После похорон Сергея Александровича, началась настоящая битва за Елизавету Федоровну. 1 марта 1905 года Цветаев пишет Нечаеву-Мальцову: "То обстоятельство, что М.П.Степанов уже приборел Великую Княгиню в председатели Православного Палестинского общества, внушает мысль членам Комитета, нужно ли ждать нам дальше 40-го дня по кончине нашего Председателя?"
Елизавета Федоровна в ответ на соболезнования прислала Ю.С.Нечаеву-Мальцову телеграмму, о которой Цветаев пишет: "При всех встречах слышу одни и те же голоса о необычайной сердечности депеши Великой Княгини на Ваше имя. Ей придают личный характер как бы беседы с Вами, которого Великая Княгиня публично называет вершителем "славного дела, с такой любовью начатого Ее дорогим мужем." Мне указывают, что с Вами - первым она заговорила этим интимным языком - уже о вопросе жизни, о делах и что такая телеграмма была составлена для Вас Ею лично, а не секретарем." Цветаеву было с чем сравнивать, на страницах "Московских ведомостей" появлялись ее ответные телеграммы Румянцевскому музею и другим учреждениям.
Телеграмма Великой Княгини была составлена 16 февраля 1905 года. Она сохранилась в бумагах комитета по устройству Музея.
"Гофмейстеру Нечаеву-Мальцову
Душевно тронута сердечно благодарю Вас и всех подписавшихся за молитвы и слова утешения Дай Бог Вам благополучно окончить славное дело с такой любовию начатое моим дорогим мужем.
Елисавета"
Однако от места Председателя Комитета по устройству Музея Елизавета Федоровна отказалась. 7 марта Цветаев писал: "Новостью настоящей минуты для Вас и Комитета является безусловный отказ Великой Княгини от наследования в нашем деле." На попечении Елизаветы Федоровны находилось и так слишком много обществ и комитетов. В своем отказе Елизавета Федоровна писала: "Передайте, что я могу принять руководительство, только вполне сознавая, что могу работать добросовестно. Добросовестно я, при существующей уже под моим ведением массе учреждений, решительно не могу заниматься новыми учреждениями. Теперь мне предлагают принять под мое руководительство все учреждения в Москве, во главе которых стоял мой муж. (...) Быть во главе номинально - я не признаю возможным по принципам своим; серьезно же приняться за них у меня нет ни времени , ни сил, ни уменья." После смерти Сергея Александровича Елизавета Федоровна согласилась занять его место только в Палестинском обществе, которое основал ее муж, и в котором она сама была членом "с лишком 20 лет".
Так и остался Комитет по устройству Музея без Председателя, вплоть до кончины Нечаева-Мальцова и Цветаева.
Тем не менее Елизавета Федоровна принимала активное участие в деле создания Музея, посещала стройку, хлопотала, помогала. В 1905 году после смерти мужа Великая Княгиня передала в дар Музею часть великокняжеской коллекции, в том числе и ряд подлинников, среди них небольшая бронзовая скульптура итальянского мастера эпохи Возрождения Якопо Сансовино "Богоматерь с Младенцем и Иоанном Крестителем". Благодаря ее вмешательствув спор о передаче ценнейшей коллекции египетских древностей С.Голенищева, который велся в 1909 году, был решен в пользу Московского Музея Изящных Искусств.