Теория Дефицита Информации (в геноме)

[livelogic]

Информации, содержащейся в геноме, недостаточно для построения и поддержания организма

- Это твое?
- Мое
- Откуда?
- Оттуда

Из к/ф "Бриллиантовая рука"

Comments

[ext_3299927]

Формулу объёма генома в байтах я бы переписал:
3,1e+9 / 4 = 7,75e+8

[livelogic]

Да, это грамотное замечание, подправлю.

[livelogic]

>Объяснение не годное.

?

Это фальсифицируемая теория, а не объяснение.

[livelogic]

Я не выдвигаю таких объяснений, речь про теорию в форме неэкзистенциального высказывания, которое можно опровергнуть.

[andrei_dikun]

Я не совсем понял. Там же ещё мусорная часть есть: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D1%83%D1%81%D0%BE%D1%80%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%94%D0%9D%D0%9A
Которая может быть совсем не мусорной.

[livelogic]

>Там же ещё мусорная часть есть:

Пока она называется "мусорной" теория про "12 Мб" верна. Собственно, это критерий фальсификации.

[mns2012]

Нет, надо все 800 Мб брать. В оставшихся 98.5% генома много чего нужного находится, как выясняется. Кстати, небезызвестный gpuccio считает, что там-то как раз и имели место множественные интеллектуальные настройки белковой функции, о которых он говорит.

Само предположение, что и этого мало, конечно, интересное, но пока специалисты не разберутся досконально с белковым уровнем организации, бесполезно строить какие-то теории. Это споры первоклашек о материале для 10 класса ;)

[livelogic]

Можно и 800Мб взять, с этим нет проблем. Все равно по факту не хватает.

Если "уточнения в Белковом уровне организации" помогут - что ж, теория опровергнута. На то она и научная теория, а не окончательная истина. Просто фиксируется текущее положение дел.

[alekoksan]

Ну каг бэ это очевидно, если не ударяться в "программную" метафору генома. Геном - не программа, а, скорее, библиотека функций, к которой организм обращается. "Полная информация" заложена в "организме как целом" - через строение клетки, градиенты концентраций, свойства белков, etc.

[livelogic]

>"Полная информация" заложена в "организме как целом" - через строение клетки, градиенты концентраций, свойства белков, etc.

Давайте попробуем развить. Вот есть яйцо совы, где там информация, кроме как в ДНК?

[wampus_999]

Как далеко ушла наука за каких-то полтора года. И мусорная ДНК теперь далеко не мусорная, и информации в ней куда больше, чем просто количество нуклеотидов. Оказывается, информация содержится не только в последовательности нуклеотидов, а и в трехмерной структуре ДНК. А тут еще метилирование и прочие прелести. Да еще информация в ДНК эффективнейше сжата - за счет трансляции со сдвигом рамки и сплайсинга один ген может кодировать до тысячи белков.
Кстати, нуклеотиды в генах - не двоичный код. Бит может принимать два значения, а нуклеотиды четыре - это называется тетрит, и соответственно вместо байтов здесь тройки нуклеотидов (вместо восьми в байте). Но это касается только транслируемых участков, все остальное - нечто совсем другое.

[livelogic]

Возможно, я чего-то не понимаю, но трансляция со сдвигом рамки мне не представляется способом увеличения хранимой информации.

>Кстати, нуклеотиды в генах - не двоичный код.

Это понятно. Но это не мешает их информационную емкость выражать в общепринятых байтах и битах.

[wampus_999]

Как так? Ведь сдвиг на один нуклеотид позволяет получить абсолютно иную последовательность кодонов. Еще на один - тоже. Получается увеличение количества информации втрое. Разве не так?
Меня этот вопрос волнует с той позиции, что для хранения всей информации об организме, начиная от формы органов, до размещения каждого нейрона в мозге нужна просто фантастическая емкость.
Впрочем, альтернативный сплайсинг дает куда больше.

[livelogic]

>Ведь сдвиг на один нуклеотид позволяет получить абсолютно иную последовательность кодонов.

Можно еще задом напред прочитать, тоже другая последовательность будет. Т.е. вот слово "кит", 3 байта, в кодировке windows-1251. Оказывается, в нем еще запаковано "тик", т.е. еще три байта :)

Нет, количество информации надо оценивать до интерпретации, интерпретацией можно один байт вообще превратить в терабайт. Собственно, я как раз "продвигаю" "теорию", что сложность - в интерпретаторе, см. http://livelogic.livejournal.com/1778.html.