Семинар по филогенетике в Санкт-Петербурге
Мой однокурсник Денис Лавров собирается приехать и провести 9 по 12 марта в практически единственной живой лаборатории ЗИНа «Таксон» семинар по современным методам в филогенетике. Все, кто намерен овладевать современными методами систематики, а не гнить в болоте отечественного разлива -- туда. Я не пойму студентов-зоологов, которых там не будет.
https://sites.google.com/site/phylogeneticworkshop/
Программа школы
День первый:
Лекция: Основные концепции и понятия филогенетики
Практикум: Выравнивание последовательностей и чтение деревьев. Дистантные методы
Программы: ClustalW/X, Muscle, Mafft, FigTree
День второй:
Лекция: Методы построения филогенетических деревьев основанные на критериях оптимальности.
Практикум: Методы парсимонии и наибольшего правдоподобия. Оценки деревьев.
Программы: Paup/Phylip, Treefinder/Phyml, PAML
День третий:
Лекция: Байесовская революция в филогенетике
Практикум: Байесовские методы в филогенетике и эволюционной биологии
Программы: MrBayes, BayesTraits (?), Beast
День четвертый:
Лекция: От филогенетики к филогеномике
Практикум: Суперматриксы и супердеревья. Partitioned analysis.
Программы: RAxML, PhyloBayes, Supertree server