Рукалицо: http://www.eclipse.org/forums/index.php/t/447425/
Можно, конечно, нафиг qualifier из версии выкинуть, но это же костыль.

Пожалуй даже зарегистрируюсь в багтрекере, проголосую.

Upd: Поставил site.xml флаг read-only, вроде бы помогло. Правда теперь при билде ( Read more... )