Unteaching - 2

[galicarnax]

Увидел на столе у коллеги толстый талмуд с заманчивым названием "Zero to Infinity: the foundations of physics" под авторством Peter-a Rowlands-a. Полистал. Много формул, а особенно матриц. Peter предлагает новый формализм для квантово-релятивистской физики. Якобы, более мощный и более простой, чем известные описания. Но дело в другом. Там у него

Comments

[am_tiger_a]

> Практически все живые организмы используют один и тот же генетический код (в дальнейшем для краткости - генкод).

А как же вариации генкода, например, у митохондрий?

[galicarnax]

"Практически" не зря стоит. И вы не могли там не заметить предыдущее предложение: "Известные вариации кода ситуацию не спасают - они очень незначительны и крайне редко используются в биосфере". Если посчитать всю биомассу, которая производится в биосфере стандартным кодом, и всю, которая производится остальными версиями, перевес будет внушительный. Правда, наверняка не все версии еще известны, но это только подтверждает их редкость.

[am_tiger_a]

> Известные вариации кода ситуацию не спасают - они очень незначительны и крайне редко используются в биосфере.

Тем не менее, они есть. И присущи структурам, возникшим в достаточно отдалённое время. Т.е. вероятность того, что до возникновения данных структур вариации генкода были явлением более распространённым, чем теперь, сильно выше 0.

> Если посчитать всю биомассу, которая производится в биосфере стандартным кодом...

Хотелось бы взглянуть на то, как большая часть этой биомассы (т.е. эукариотическая часть всей биомассы) функционировала бы без митохондрий и хлоропластов.

[galicarnax]

***Тем не менее, они есть.***
Собссно, текущий пост про это и написан %)

***Т.е. вероятность того, что до возникновения данных структур вариации генкода были явлением более распространённым, чем теперь, сильно выше***
Спорное утверждение. Можно предположить и наоборот - давно был один код, а нынешние версии - более поздние отклонения, возникшие в результате комплексных мутаций. Т.к. подозрительно мало они отличаются от стандартного.

***Хотелось бы взглянуть на то, как большая часть этой биомассы (т.е. эукариотическая часть всей биомассы) функционировала бы без митохондрий и хлоропластов.***
Зачем же без? Нужно просто посчитать массу всех белков, производимых стандартным кодом и всех белков, производимых вариациями.

[artemn]

Такое впечатление иногда складывается (я не про "толстый талмуд", его я не видел), что World Scientific печатает то, что не печатают более приличные издательства (Springer, Oxford, Princeton...)

[gegmopo4]

Попахивает фричеством. Нет, физику позволительно не знать деталей молекулярной биологии, да и пренебрежение незначительными деталями в модели допустимо. Настораживает желание пропихнуть своё "открытие" в совершенно несвязанную область. Да и название работы несколько претенциозно.

Может, конечно, там всё верно (хотя "новый формализм" скорее всего тривиальщина). А абстрактная математика вроде теории вероятности или статистики применима и в КМ, и в генетике. Но вот на ArXiv.org его статьи тоже вызвали подозрение. Если это и не фричество, то у автора удивительная способность выглядеть фриком.

[galicarnax]

***Нет, физику позволительно не знать деталей молекулярной биологии, да и пренебрежение незначительными деталями в модели допустимо.***

Детали знать необязательно. Но о версиях генкода-то он наверняка в курсе. А этого уже достаточно, чтобы сообразить, что не (только) антикодон определяет аминокислоту.

[gegmopo4]

Во-первых, может и не в курсе. Образование у него историческое (в интересах философия, что настораживает), а не биологическое.

Во-вторых, это неважно. Если модель описывает 90% живых существ -- уже хорошо. На остальные 10% будут поправки второго порядка.

[clayrat]

кстати, насчет проблемы "яйцо-курица" в отношении синтетаз
вроде бы сумели синтезировать аминоацилирующий рибозим: http://molbio.mgh.harvard.edu/szostakweb/publications/Szostak_pdfs/Lee_Szostak_Suga_NSB_00.pdf

[galicarnax]

Это да. Но в рибосомах-то РНК до сих пор сидит, причем именно она главный герой в образовании пептидных связей. А все натуральные ныне известные синтетазы, увы, чисто белковой природы.