Рефакторинг в PyDev крайне ущербен.

То нельзя, это убери, такое не поддерживаю. Руками часто получается быстрее.

И, самое главное, он геренит код не соблюдая ширину отступа. У меня два пробела, у него умолчательные четыре.

Каменный век.