В 1986 году Бокасса совершил, пожалуй, наиболее эксцентричный поступок в своей жизни: он добровольно вернулся в ЦАР, рассчитывая, что народ вновь возведёт его на трон. Однако он немедленно был арестован, начался новый процесс, Бокассе были предъявлены обвинения в государственной измене, убийствах, каннибализме и растрате государственного имущества. Бокасса активно защищался на суде и сумел убедить судей в том, что части тел жертв он хранил в холодильнике не с целью употребления их в пищу, а в символических целях («печень врага приносит удачу») и т. п. Хотя он был признан невиновным в каннибализме, остальных обвинений хватило, чтобы вновь приговорить его 12 июня 1987 года к смертной казни. В следующем году он был помилован, и приговор заменили на пожизненное заключение, а затем и на двадцатилетнее. После восстановления демократического строя в 1993 году в стране была объявлена всеобщая амнистия, и Бокасса вышел на свободу.