for biologically inclined friends

[eugene_koonin]

some recent stuff of potential general interest:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22913395
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22993722

Comments

[flying_bear]

Спасибо! Настолько general, что даже я прочитал (вторую статью, первая что-то не грузится) с иллюзией понимания и огромным интересом.

[eugene_koonin]

Спасибо!
Неожиданно и очень, конечно, приятно.
Странно, что первая не грузится, сбросил
по email на всякий случай

[flying_bear]

Получил! Большое спасибо.
Я прочитал Вашу книгу, хоть, конечно, и не могу похвастать, что все понял.

А до этого читал старательно всякие популярные книжки по молекулярной биологии, которые страшно раздражали шапкозакидательством. Многие мои коллеги почему-то торчат от упрощений. А мне, наоборот, страшно нравится читать про то, как все на самом деле сложно устроено.

И, конечно, очень хочется понять, что такое сложность. Но вряд ли удастся.

[eugene_koonin]

Well, I surely remember you read my book, your high opinion was great support.
As for popular books...it is a matter of perspective. I practically cannot open most of those
in biology (of course, there are exceptions like Gould but those are different, that's real literature)
but quite like some in physics (of course, written by physicists not science writers) but then again, that
might be mostly because I am a dilettante there.

It seems to me the big question is not so much WHAT is complexity (like pornography, when we see it, we know it,
and mathematically it can be defined in a variety of ways, it is not so hard) but rather where does complexity come from?
Or, why are there complex systems around rather than simple (and highly efficient) ones only? I think there also some tentative answers (eg in the aforementioned book) although I certainly would not suggest these are anywhere near definitive.

[imbg]

За первую статью спасибо, по этому поводу есть две мысли:

1. Как вы пишите, каждая колония дрожжей содержит единичные клетки с прионами, которые могут привнести определенные выгоды при неблагоприятных условиях. В этой связи вспоминается, чтов бактериальной колонии тоже всегда существуют отдельные клетки, не убиваемые никакими антибиотиками (например, тут - PMID: 10681331). Возможно ли участие прионов у выживаемости бактерий, искали ли их там?

2. Оформление - недавно появившиеся графические абстракты были бы полезны в вашем журнале. Они поднимают импакт и в целом улучшают вид статьи. Если вам интересно, я бы мог попробовать набросать вам примеры для некоторых будущих статей, главное чтоб они были достаточно общи для того чтоб я в них разобрался (я далек от биоинформатики).

Обо мне - Peter Starokadomskyy, PhD

[eugene_koonin]

Thank you for the feedback.
Yes, there are 'super-resistant' cells in bacterial colonies.
To the best of my knowledge, the only clue to their nature
is in persistence mechanisms such as those based on
toxin-antitoxin activities. It would be enormously interesting
if a prion-based mechanism existed, and at the most general level,
I am inclined to believe it "must" exist but as far as I know, there
is no evidence of that at all.

I am completely unfamiliar with "graphic abstracts".
Could you point me to a couple of examples?

[imbg]

Thank for your reply.

Grafical Abstract you can find in several journals. As examples:
- http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761311000756
- http://www.mskcc.org/research/lab/derek-tan/selected-publications-graphical-abstracts
- http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(12)01168-3

About:
- http://www.cell.com/GApage

[walentina]

с ДР!)) И пусть жизнь радует - бесконечно)

[eugene_koonin]

Thank you Dear Virtual Friend!
Your lovely writings, such as lj_mz, are among the best joys life brings

[che_burashkaa]

С днём рождения!

[eugene_koonin]

thank you!