В лице великого реформатора русской жизни Петра Великого государство решительно подчиняет себе Церковь. Он совершенно подчинил Церковь государству и превратил ее в одно из государственных учреждений - духовное ведомство. Свое нерасположение к современному ему духовенству Петр выразил раз так: «Многому злу корень старцы и попы; отец мой имел дело с одним бородачом, а я с тысячами».
Патриаршество было упразднено в 1721 г., когда была учреждена духовная коллегия, переименованная затем в Святейший Синод. По мысли Петра Синод должен быть равным Сенату и подчинен лишь государю. В отсутствие государя совместные решения Сената и Синода получали силу решений верховной власти. Впоследствии, при преемниках Петра, Синод потерял это значение, а Сенат вообще не признавал Синод равным себе.
По своему, устройству Синод представлял коллегию, т.е. состоял из нескольких членов во главе с председателем (президентом). Назначались члены волей государя; волей же государя они могли быть и уволены. Хотя в Духовном Регламенте, в котором изложен устав Синода, власть Синода и приравнивается к патриаршей, она, конечно, не могла быть равна ей уже по одному тому, что Синод был подчинен государю.
Эта подчиненность особенно ясно выражена в присяге, которую должны были приносить члены Синода при вступлении в должность. По присяге, член Синода должен быть «верным, добрым и послушным рабом и подданным» государю; наследнику и государыне и признавать государя «крайним судьей» Синода, т.е. высшей властью над Синодом.
Так как Синоду были подчинены все духовные установления и лица, то вся церковь была, таким образом, подчинена власти государственной, и стала лишь частью государственного строя, ведомством православного исповедания. Для наблюдения за ходом дел в Синоде была учреждена должность обер-прокурора Св. Синода, который должен быть в Синоде «оком государственным».
Анна Ивановна называла Святейший Синод «наш Синод». Петр III за очень недолгое свое царствование успел, однако, издать указ Синоду, где предписывалось «уреченные посты вовсе прекратить и чтоб почитать не в закон, а в произвольность», «о грехе прелюбодейном не иметь никому осуждения, ибо ж Христос не осуждал» и т. п.
Императрица Екатерина II обращалась к Синоду с такими словами: «Если спрошу вас, кто вы и какое ваше звание, то вы верно дадите ответ, что вы - государственные особы, состоящие под властью монарха и законов евангельских». Так твердо уже установилась мысль о власти государей в Церкви и так отчетливо выражалась идея о вчленении Церкви в организм государственный.
При составлении акта о наследии престола (1797 г.) император Павел I уже называет русского императора «главою Церкви». Выражение это ранее никогда не употреблялось по отношению к государям русским.