Заткнуть SkypeUpdate раз и навсегда.

[anr_daemon]

reg ADD "HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Skype\Phone" /v "DisableVersionCheck" /t REG_DWORD /d 1 /f sc delete SkypeUpdate del "%TEMP%\SkypeSetup.exe"
По материалам https://wreckseal.blogspot.ru/2013/06/how-to-removestop-skype-update.html