Найвідоміша визначна пам'ятка Момбаси - форт Ісус. Фортеця являє собою португальську фортифікаційну споруду, зведену у 1593 році архітектором Джованні-Баттіста Кайрат. Замок неодноразово переходив від португальців до турків і назад, поки в 1875 році не був захоплений британцями, які використовували його як в'язницю. Незадовго до отримання Кенією незалежності він набув статусу національного пам'ятника, в 2011 році включений ЮНЕСКО в список об'єктів Всесвітньої спадщини.