Несколько статей по древней генетике
Какое-то время назад вышла пара статей, о которых наверное надо написать.
Одна из них посвященая генетики людей каменного века Центральной и Восточной Европы и называется "Genetic continuity, isolation, and gene ow in Stone Age Central and Eastern Europe".
Вот какая аннотация у статьи:
"Геномный ландшафт Европы каменного века был сформирован многочисленными миграционными волнами и заменами населения, но разные регионы демонстрируют неодинаковые закономерности. Чтобы уточнить наше понимание динамики населения до и после рассвета неолита, мы собрали и проанализировали данные о геномных последовательностях человеческих останков 56 человек из мезолита, неолита и энеолита в Центральной и Восточной Европе. Мы обнаружили, что мезолитические европейские популяции сформировали географически обширную зону изоляции расстоянием от Центральной Европы до Сибири, которая была установлена уже 10 000 лет назад. Мы также обнаружили контрастные закономерности непрерывности населения во время неолитического перехода: люди в районе нижней долины Днепра, Украина, демонстрировали преемственность в течение 4000 лет, от мезолита до конца неолита, в отличие от почти всех других частей Европы, где популяционные сдвиги привели к этим культурным изменениям, в том числе на обширных территориях Центральной Европы и вокруг реки Дунай."
Сильно расписывать про нее не буду, но некоторые интересности размещу. Вот, например, дерево, показывающее соотношение древних популяций. Проценты показывают удельный вклад того или иного компонента.
Исследователи указывают, что все образцы мезолита Центральной и Восточной Европы разместитись между классическим образцом западных охотников-собирателей (WHG) и образцом Афонтова гора верхнего палеолита. Таким образом, восточноевропейские охотники-собиратели (EHG) - это часть градиента, перехода в генофонде. Чем западнее, тем меньше был вклад групп типа Афонтовой горы среди охотников.
Среди прочего авторы пишут, например, о том, что популяция мезолита и неолита в долине Днепра долгое время (более 4 000 лет) оставалась неизменной, пока не была заменена новой популяций - людьми, генетически схожими с ямной культурой. Наступление неолита здесь не было связано с генетическими изменениями, в отличие от энеолита. Впрочем, как-то я уже писал, что и пища у них тоже не поменялась. Мезолитические и неолитические группы долины Днепра имели меньшее разнообразие, чем неолитические популяции Польши и Румынии и были меньше по размеру.
Размещение исследованных популяций каменного века на РСА.
Кроме того, неолитические люди из Польши и Румынии хоть и несли анатолийскую "фермерскую" добавку, доля местных охотников у них была больше, чем в Германии. Предполагаемое происхождение от местных мезолитических охотников-собирателей колебалось от 9 до 20 % у румынских людей эпохи неолита/энеолита, в то время как оно составляло 9 - 97 % среди представителей эпохи неолита/энеолита из Польши.
Вообще, статья основана на том же материале, что и вот эта. Собственно, это дочерняя статья. И вот еще один интересный момент из неё: " Примечательно, что ~ 7300-летняя неолитическая особь из региона Среднего Дона (NEO113) была помещена в базальную кладу R1a вместе с ранними особями, связанными с комплексом шнуровой керамики (poz81, RISE446), что делает ее самым ранним наблюдением этой линии, о котором сообщалось на сегодняшний день".
Похоже, генетические корни КШК (по крайней мере, по мужской линии) обозначились. Судя по всему, речь идет об этом погребении времен энеолита. Из статьи по ссылке.
"Таким образом, перед нами, судя по полученным данным, - древнейшее подкурганное погребение на Среднем Дону. Радиоуглеродные датировки не противоречат общей хронологии древнейших подкурганных комплексов втор. пол. V тыс. до н. э. в калиброванных значениях (Кореневский, 2012. С. 61-63), хотя некоторые специалисты не поддерживают идею столь раннего распространения курганной погребальной обрядности в южной части Восточной Европы (Манзура, 2017). Если говорить о культурно-хронологической принадлежности комплекса из Голубой Криницы, то пока она нам видится как сочетание поздних среднестоговских («дереивских») погребальных элементов и ранних «постмариупольских» традиций. Не исключено, что повторное радиоуглеродное датирование может несколько омолодить публикуемые материалы".
По всей видимости, вот группа или часть группы, общей для ямников и шнуровиков. А может и только для шнуровиков, поглядим.
Genetic continuity, isolation, and gene ow in Stone Age Central and Eastern Europe
https://assets.researchsquare.com/files/rs-1966812/v1_covered.pdf?c=1662993174
Еще одна недавняя статья называется "THE SELECTION LANDSCAPE AND GENETIC LEGACY OF ANCIENT EURASIANS" и как можно догадаться, посвящена отбору в древних группах. В ней мне наиболее интересен отрывок про пигментацию. Немного правленый автоперевод:
"Наши результаты выявили сильный отбор на более светлую пигментацию кожи в группах, движущихся на север и на запад, что согласуется с гипотезой о том, что отбор вызван уменьшением воздействия УФ-излучения и в дефицитом витамина D. Мы обнаруживаем, что наиболее сильно отобранные аллели достигли почти фиксации несколько тысяч лет назад, предполагая, что это не было связано с недавним половым отбором.
В панродовом анализе мы обнаруживаем сильную селекцию в локусе SLC45A2, с выделенным аллелем (отвечающим за более светлую кожу), увеличивающимся по частоте
с 13000 лет назад, до плато c. 2000 лет назад (рис. 2). Доминирующей гипотезой является что высокий уровень меланина в коже важен в экваториальных регионах из-за его защиты
в то время как в более высоких широтах (где ультрафиолетовое излучение менее интенсивно) выбирается более светлая кожа, потому что для проникновения ультрафиолета требуется некоторое количество кожного синтеза.
Наши результаты подтверждают, что аллели пигментации были основными мишенями отбора в течение голоцена, особенно на небольшой части локусов с большим размером эффекта. Кроме того, наши результаты дают беспрецедентно подробную информацию о продолжительности и
географическом распространении этих процессов (рис. 2), предполагая, что аллель, связанный со светлой кожей отбирался неоднократно, вероятно, как следствие аналогичного давления окружающей среды происходивших в разное время в разных регионах. В стратифицированном по предкам анализе, все маргинальные
предки демонстрируют широкое согласие в локусе SLC45A2 (рис. 2), но различаются по времени их сдвиги частоты. Фон предков ANA (прим.моё - анатолийские неолитические земледельцы) показывает самые ранние свидетельства отбора, за ним следуют EHG и WHG примерно 10 000 лет назад, а CHG - примерно 2 000 лет спустя. Во всех предках кроме WHG, отобранные гаплотипы достигают близкой фиксации около 3 000 лет назад, в то время как гаплотип WHG содержит большинство предковых аллелей, все еще сегрегационных у современных европейцев. Этот вывод позволяет предположить, что отбор на этот аллель был гораздо слабее в древних западных группах охотников-собирателей в голоцене по сравнению с другими. Мы также обнаружили сильный отбор в локусе SLC24A5 (rs1426654; p=6.45e-09; s=0.019), который также ассоциируется с пигментацией кожи. В этом локусе частота выбранного аллеля увеличилась даже раньше чем SLC45A2, и достиг близкой фиксации около 3 500 лет назад.
Таким образом, похоже, что отбор по этому локусу произошел на ранних стадиях в группах, которые двигались на север и на запад, и только позднее в среде западных охотников-собирателей после того, как эти группы столкнулись с пришлыми популяциями и смешались с ними. "
И кое-что про вклад древних в фенотипическую изменчивость современных людей. Уже много раз писали, что люди со степным компонентом принесли в Европу более высокий рост. А от еще кое-что:
"Аналогичным образом, генетически предсказано, что европейские охотники-собиратели имеют темную пигментацию кожи, и действительно, мы видим, что компоненты WHG, EHG и CHG способствовали появлению этих фенотипов у современных людей, в то время как ямные и анатолийский компоненты способствовало светло-коричневой/светлой пигментации волос.
Интересно, что локусы, связанные с чрезмерным рассеиванием полигенных фенотипов, связанных с настроением, зарегистрированных среди людей из UK Biobank (например, повышенная тревожность, чувство вины и раздражительность), показали чрезмерную представленность компонента анатолийского неолитического происхождения; а компонент WHG
показал поразительно высокий вклад в черты, связанные с диабетом. Мы также обнаружили, что аллель ApoE4 (повышенный риск болезни Альцгеймера) преимущественно встречается на гаплотипическом фоне WHG/EHG, что позволяет предположить, что он, вероятно, был занесен в Западную Европу ранними охотниками-собирателями (Дополнительное примечание 2g). Это согласуется с современным европейским распределением этого аллеля, который наиболее высок в северо-восточной Европе, где доля таких предков выше, чем в других регионах континента"
THE SELECTION LANDSCAPE AND GENETIC LEGACY OF ANCIENT EURASIANS
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.22.509027v1.full.pdf
И наконец, в третьей статье, которая называется "Genetic risk for Multiple Sclerosis originated in Pastoralist Steppe populations" выяснили, что риск рассеянного склероза связан со степными группами раннего бронзового века.
Genetic risk for Multiple Sclerosis originated in Pastoralist Steppe populations
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.23.509097v1