Собственно, сабж. Журнал "Компьютерра", номер 5 (769) от 3 февраля 2009 г. Называется "ФАТальные проблемы" и посвящена ограничениям в файловых системах. Уверен, со многими из них вам уже приходилось сталкиваться на практике.