Слово чистый - общеславянское.
Образовано как форма страдательного причастия от ст.-слав. цѣстити - чистить. У этого глагола и у слова цѣдити (цедить, отделять, очищать от каких либо примесей, частиц) - общая основа (с перегласовкой ц/ч и д/т/ст).
(Родственно др.-прусск. Skijstan, лит. skíesti, далее лат. scindō, греч. σχίζω, др.-инд. chinátti).
Первоначальные значения слова чистый - процеженный, освобождённый, обработанный.
В дальнейшем его семантика развивалась самостоятельно, в том числе и в образных выражениях.
Чистое бельё - стиранное.
Чистая посуда - мытая.
Чистая комната - где нет сору, грязи, пыли.
Чистая вода, чистое вино - без примеси, само по себе.
Чистый хлеб - хорошо отвеянный, без сора и мякины.
Чистое стекло, чистый хрусталь - прозрачный; как слеза.
Чистое золото - без сплава, подмеси.
Чистое небо - безоблачное.
Чистый воздух - свежий.
Чистая гладь - водная поверхность в полный штиль.
Чистое поле - открытое, прозорное.
Чистый человек - честный, непорочный, нелицемерный.
Чист перед кем-либо - невинен, открыт, правдив.
Чистая речь - правильная, без искажений.
Чистый голос - звонкий, ясный.
Чистая совесть - у человека правдивого, безупречного, нравственного.
От чистого сердца - искренне, откровенно, от души.
Чистыми руками - не кривя душой.
Нечист на руку - воришка, мошенник.
Дело чистое - ясное, верное, без обмана.
Чистая работа - 1) тщательная, точная, искусная; 2) не тяжёлая, не грязная, непыльная.
Чистые деньги - наличные, не в счетах, не в товаре.
Чистый доход, чистая прибыль - после вычета расходов.
Чистый вес - без упаковки.
Сделать/отделать начисто - окончательно, набело.
Чистый угол (в доме) - особо убранный, праздничный, парадный.
Начисто победить, устранить - решительно, совсем, наголову, полностью.
Чистая правда - настоящая, верная, без капли лжи.
Чистая случайность - неожиданная, непредвиденная, по случайному совпадению.
Чистый вздор - враки, чепуха.
Чистый документ - безукоризненный, не фальшивый.
Карман чист - пуст.
Почище (кого, чего) - получше.
Чистая отставка - окончательная.
Чистый срез - гладкий, ровный.
Чистый лес (дубняк, осинник, березняк) - без других деревьев.
Чистая порода (о животных) - без примеси других пород и видов.
Чистый лист, бумага - неписаная, белая, беловая.
С чистого листа - заново, по-новому, с нуля.