Свое название бухта получила благодаря запорожским казакам, которые в 70-х годах 18 столетия во время войны с Турцией установили по всему побережью пикеты. Один из пикетов находился в окрестностях данной бухты, с этих времен и сохранился этот топоним.
Если окунуться в более древнюю историю, в 1 век н.э., то, согласно приданию, в Казачьей бухте по приказу римского императора Трояна был казнен святой Климент.
Легенды утверждают, что после казни святого здесь, совершались чудеса: раз в году море отступало, открывая дорогу к маленькому пещерному храму, в котором хранились мощи Климента. Страдающие находили здесь утешение, болеющие - исцеление.