Возможное объяснение распространения дельты

Jul 24, 2021 14:58

Viral infection and transmission in a large well-traced outbreak caused by the Delta SARS-CoV-2 variant

Препринт, о котором я узнал из TWIV. Уже много раз рекомендовал этот подкаст, и еще раз порекомендую. Обычные эпизоды в нем довольно длинные и насыщенные наукой, но у них также есть еженедельные выпуски с Дэниелом Гриффином, врачем в НЙ, и эти ( Read more... )

Leave a comment

Comments 103

bigdrum July 24 2021, 19:10:06 UTC
В общем и целом изменение скорости начала воспроизводства вируса объяснимо, если предположить его адаптацию к человеческой ACE2. Однако за кадром другие белки, которые тоже мутируют. Например, белок N, если мне память не изменяет, участвует в процессе репликации вируса. Кто-нибудь отслеживает ЕГО мутации?

Reply

shvarz July 24 2021, 19:15:10 UTC
Конечно.

Reply

bigdrum July 24 2021, 19:30:41 UTC
И как он себя ведет?

Reply

shvarz July 24 2021, 19:44:38 UTC
Ну, например: https://www.pnas.org/content/118/29/e2104241118 (сразу скажу что сам не читал)

Reply


levyi_botinok July 24 2021, 19:16:32 UTC
График с ПЦР тестами вызывает вопросы. И по-дилетантски альтернативные трактовки.
Что значит количество циклов при первом положительном ПЦР тесте? Ясно, что "первый положительный" тест Дельты имеет в среднем дело с гораздо более концентрированным образцом. Ведь именно так следует трактовать меньшее количество циклов необходимое для обнаружения? То есть стадия, на которой концентрация вируса мала и сравнима с тестами прошлого года как-то ускользает? Как попал, так сразу много? Или симптомы начинают появляться (и человек наконец идет тестироваться) на более поздних развившихся стадиях?

Reply

shvarz July 24 2021, 19:46:29 UTC
Количество вируса "круче" идет вверх, поэтому да, сразу обнаруживается много, потому что стадия с "мало" пролетает очень быстро. Про симптомы тут ничего нет вообще.

Reply


rusty_spur July 24 2021, 19:21:05 UTC
Да, если как показали израильские наблюдения над пфайзером количество вирусной РНК у заболевшего привитого снижается в среднем в 5 раз, то разницу в 1000 не покроешь.

Reply

shvarz July 24 2021, 19:48:49 UTC
Разницы в 1000 раз возможно и нет, как я в последнем параграфе написал. А про то, что 5 раз это ерунда, я писал уже довольно давно, с полгода назад наверно? Но с другой стороны, это же РНК, а надо смотреть на вирус. Может там вирус летит, но он весь антителами облеплен и на инфекцию не способен.

Reply


vba_ July 24 2021, 19:24:42 UTC
Надо, конечно, смотреть динамику, первый тест интересен, но динамика и максимальные значения должны ответить на вопрос - дает ли дельта в среднем большее число вирусных частиц при развитии заболевания (например, потому что интенсивность репликаций выше, оттого и инкубационный период короче).

Reply

shvarz July 24 2021, 19:50:54 UTC
Если симптомы наступают примерно в такой же динамике как у исходного вируса (а говорят что вроде бы это так), то это существенно увеличивает период бессимптомной заразности и "площадь под кривой" не так важна. Она может даже меньше быть у дельты.

Reply

vba_ July 24 2021, 20:22:11 UTC
Нет, инкубационный период у дельты существенно короче.

In a preprint posted 12 July, the researchers report that virus was first detectable in people with the Delta variant four days after exposure,compared with an average of six days among people with the original strain, suggesting that Delta replicates much faster. Individuals infected with Delta also had viral loads up to 1,260 times higher than those in people infected with the original strain.

The combination of a high number of viruses and a short incubation period makes sense as an explanation for Delta’s heightened transmissibility, says epidemiologist Benjamin Cowling at the University of Hong Kong. The sheer amount of virus in the respiratory tract means that superspreading events are likely to infect even more people, and that people might begin spreading the virus earlier after they become infected.
https://www.nature.com/articles/d41586-021-01986-w

Reply

shvarz July 24 2021, 20:37:05 UTC
Так это вы сослались на популярное описание той самой статьи о которой этот пост.
Инкубационный период все-таки считается до появления симптомов, а положительный тест ПЦР - это не симптом.

Reply


edo_rus July 24 2021, 19:27:30 UTC
> Исходя из этих данных можно предположить, что одно из отличий варианта дельта в том, что зараженный человек гораздо быстрее становится заразным и это сокращает цикл передачи от человека к человеку и ведет к ускоренному распространению этого варианта по сравнению с исходным вирусом

ИМХО это очень увеличивает и шансы тяжелого течения болезни (на иммунный ответ нужно какое-то время)

Reply

shvarz July 24 2021, 19:52:48 UTC
Вроде бы дельта примерно так же протекает. Серьезная болезнь же развивается существенно позднее первого положительного ПЦРа, примерно недели через две, так что эти ранние стадии могут быть совершенно не важны.

Reply

andy_ms August 23 2021, 06:16:58 UTC
Если предполагать, что фатальность коррелирует или прямо пропорциональна частоте тяжелого течения заболевания, то по британским данным дельта - менее фатальный и тяжело протекающий вариант:

... )

Reply


Leave a comment

Up