Интересная история. На куриных фермах в Австралии появилась новая разновидность герпесвирусов, вызывающих инфекционный ларинготрахеит (ILTV). Курицы регулярно болеют подобными вирусами, со смертностью достигающей 20%. Особенность этой разновидности в том, что она произошла от двух вакцин, которыми фермеры пользовались для предотвращения ITLV.
Аттенуированные вакцины основаны на живых ослабленных вирусах. Для их получения выделяют дикий вирус и дают ему размножаться в необычных для него условиях - например, в животном которое он обычно не заражает, или при более высокой температуре, или даже просто в культуре клеток. Вирус мутирует, приспосабливается к этим условиям, но в результате теряет приспособленность к репликации в своем обычном хозяине. Он все еще живой, но иммунная система легко его побеждает и приобретает иммунитет к дикому вирусу.
Что именно за мутации произошли в ослабленном вирусе никто обычно не смотрит. Дело это очень муторное - мутаций много, какие из них важны разобраться трудно, тем более что некоторые из них важны в комбинации с другими. Важно, что вакцина работает. Недостатком такого подхода, очевидно, является то, что мы не знаем, какие именно мутации важны и насколько трудно вирусу в вакцине будет мутировать обратно в дикий вариант. Такое случается иногда со всеми аттенуированными вакцинами.
В случае с австралийским ITLV, на австралийском рынке появилась новая вакцина из Европы. Поскольку австралийскую и европейскую вакцины получали разными способами, то видимо и ослабляющие мутации у вирусов в этих вакцинах были разные. В какой-то момент эти два вируса попали в одну и ту же курицу, рекомбинировали (обменялись частями своих геномов), и полностью восстановили дикий тип, избавившись от ослабляющих мутаций. Получившийся вирус оказался очень успешен и сейчас вытесняет обычные для Австралии разновидности.