Comments | shvarz: Random drift of HIV populations in culture

shvarz

Random drift of HIV populations in culture

Mar 25, 2009 13:20

Пока я тут на лыжах катаюсь, у меня статья вышла: Random drift of HIV populations in culture. Она в свободном доступе, так что читайте ( Read more... )

hiv, работа, эволюция

Comments 57

overscience_mes March 26 2009, 04:33:10 UTC

Все равно, поздравляю!

shvarz March 26 2009, 04:46:05 UTC

Спасибо!

vasja_iz_aa March 26 2009, 07:22:22 UTC

А как у вас получался известный размер в различных вирусных популяциях ко времени анализа? Сначала понятно, Вы начинали с известного разного числа зараженных клеток. А дальше?

ПС Дрифт, он все же дрейф.

shvarz March 26 2009, 12:55:51 UTC

Я это в статье довольно подробно описал: Поскольку в культуре HIV растет экспоненциально, то основная часть дрейа происходит в первом поколении. Второе поколение уже настолько велико, что его вклад в дрейф пренебрежимо мал.

vasja_iz_aa March 26 2009, 17:39:37 UTC

Ага, спасибо. Я теперь дочитал до раздела статистики и там действительно подробно написано. Меня вчера удивили до 14 дней на полное заражение ячейки, я подумал что вирус медленно растет. А зачем нужны эти так много дней?

И еще, я пропустил как Вы учитываете случайную вариабильность возникаюшую в процедуре заражения малого числа клеток последовательно разведенным вирусом или это почему то представляется Вам неважным?

Об эффективном размере популяции artemn March 26 2009, 16:30:44 UTC

Начну я из далека, чтобы к концу добраться до сути моих «претензий ( ... )

Re: Об эффективном размере популяции artemn March 26 2009, 16:35:52 UTC

Рассмотрим теперь вторую модель, модель Морана. Пусть у меня снова есть мешок шаров синих и красных численностью M. Я жду экспоненциально распределенный момент времени (случайный), опускаю в мешок руку, вытаскиваю шар и говорю, что этот шар дал потомство - добавляю еще один шар такого же цвета. При этом число шаров становится M+1, и я снова засовываю руку и вытаскиваю один шар, и говорю - это этот индивидуум мертв. Снова жду экспоненциально распределенный момент времени и все сначала. У меня появляется модель с перекрывающимися поколениями. Для этой модели я также могу вычислять множество разных вещей (исторически эта модель более старая, чем РФ, но математически гораздо более легкая, так как тут получается процесс рождения и гибели, прыжки системы разрешены только на "влево" или "вправо"), например озабочусь вероятностью фиксации единичного нейтрального мутанта. Эта вероятность будет равна 1/M, как и для модели Райта-Фишера. Можно также вычислить распределения числа, например, синих шаров через M рождений (естественная единица ( ... )

Re: Об эффективном размере популяции vasja_iz_aa March 26 2009, 17:56:01 UTC

Я вижу, математичская подготовка у Вас серьезная. А популяционную биологию Вы сами изучали или Вам кто-нибуть помогал?

Re: Об эффективном размере популяции artemn March 26 2009, 18:47:52 UTC

А популяционную биологию Вы сами изучали или Вам кто-нибуть помогал?

Специальных курсов я не слушал, если вопрос об этом. Есть множество замечательных книг. Часть из них однако довольно сильно математизированы. Но читать надо параллельно, по-моему. Толстый учебник для биологов (типа Хартл, Кларк) и математически ориентированную книгу (лучший вариант с моей точки зрения это Эванс, Warren John Ewens). Ну а если заморачиваться особо не хочется, то лучше всего взять тоненькую книгу Гиллеспая, там все важное есть.

Thread 21

tea_with_milk March 26 2009, 22:15:27 UTC

Поздравляю! Мне вот PLOS журналы тоже очень нравятся...

shvarz March 28 2009, 00:46:55 UTC

Спасибо! Да, PLoS-овцы молодцы, за такой короткий срок создали очень приличные журналы.