Мутанты SARS-CoV-2. Основания для опасений есть, но насколько «нарыв» созрел пока не ясно

[prof_afv]

Тема мутантов, «обезоруживающих» вакцины против COVID-19, остаётся одной из наиболее горячих в ковидосфере. Очередное повышение её градуса началось после обнаружения «британского мутанта» (см. https://prof-afv.livejournal.com/59125.html ). Вскоре «плохая компания» пополнилась южно-американским, бразильским и калифорнийским мутантами. Поскольку

Comments

[muh2]

А насколько реально сделать много вариаций RBD белка, выявить хорошо связывающиеся и превентивно включить их в вакцину?

[prof_afv]

RBD это не белок, а сравнительно небольшой домен большого белка - гликопротеина S. С точки зрения нейтрализации вируса антителами, RBD важный, но не единственный элемент «эпитопного ландшафта» этого белка. Фокусирование только на RBD подобно «складыванию всех яиц в одну корзину». При этом вероятность «обесценивания» антительного ответа максимальна. Кстати, всё идёт к тому, что первыми жертвами на этом поле станут моноклональные антитела (и их функциональные аналоги), использование которых уже разрешено. Значительно перспективнее подход, максимально диверсифицирующий протективные иммунные ответы. Но в этой области ещё многое предстоит узнать, особенно о роли и эпитопной специфичности Т-ответов в протекции.

[muh2]

А мне казалось, что все остальное у вируса в сахарном камуфляже. Наружу торчит только РБД, поскольку без этого никак. А на функциональные белки вакцин почему-то не делают.

А насчет обесценивания - а на какое количество эпитопов делают вакцины. Ну вот РБД - это сотня-другая. А вакцины на другие вирусы?

Ну и наконец - требует ли новая "прошивка" вакцины той же проверки что и изначальная вакцина? Казалось бы Модерна и Пфайзер должны выпускать новые партии вакцины с уже обновленной прошивкой - им для этого буквально пару строк в коде поменять достаточно.

[kostyay]

Проще говоря, есть ли смысл прививаться от одного "варианта", если против другого/других вакцина бессильна. Я правильно понял?

[prof_afv]

Неправильно. Прививаться надо и чем раньше, тем лучше. Пока нет никаких доказательств, что протективность вакцин реально упала. Кроме этого, падение протективности не происходит скачкообразно. Остаточная протективность будет сохраняться довольно долго. Если эпидемия начнёт угасать, а вакцинация в большей или меньшей степени работает на это, снизится и скорость эволюции вируса. Так что, нынешних вакцин вполне может хватить для «обуздания» этой эпидемии. Гарантировать нельзя, но шанс на этот, на мой взгляд, достаточно высок. А вот дальше... маловероятно, что SARS-CoV-2 исчезнет из человеческой популяции и к этому надо готовиться, в том числе и модернизируя вакцины.

[kostyay]

Ну обуздает вакцинация эпидемию в тех странах где она проходит массово и снизится скорость эволюционирования. Но как быть с теми регионами где вакцинация это предел мечтаний? Чуть что и вновь полыхнёт лавинообразно.

У меня вопрос как к специалисту. Неужели только вакцина панацея от такого рода эпидемий? Может стоить сделать упор и на лекарстве?

[godzil]

возник вопрос - после попадания вируса в организм, за какой промежуток времени антитела его полностью подавляют (если они есть в достаточном кол-ве) и является ли организм переносчиком, в данном промежутке времени?

[prof_afv]

Вирус «убирают» не только антитела, но и другие иммунные и неиммунные механизмы. Что касается сроков, то они очень вариабельны, но в среднем, вероятность заразиться от человека начиная с 8 дня после появления клиники низкая (но не нулевая). К сожалению, вероятность заразиться от человека при контакте за 1-2 дня до появления у него клиники, довольно высокая.

[godzil]

спасибо за ответ. но, простите, непонятно о какой "клинике" идет речь.

[prof_afv]

симптомы КОВИД

[f00001]

Добрый день, спасибо за ваши прошлые ответы на мои вопросы

Я часто встречаю, что люди употребляют слова "обломки вируса", например, может быть что пцр положительный, а вируса в организме нет, и он реагирует на "обломки вируса". Так вот у меня вопрос - существует ли такое понятие как обломки вируса, как они выглядят и откуда берутся? И что является результатом уничтожения вируса?
Я еще могу так же понять, что нечто являющееся "обломками" курсирует где-то по крови и анализ может на это реагировать, но чтоб они просто так "валялись" в носу или горле?

[prof_afv]

Это фигуральное выражение, упрощающее и искажающее реальность. В крови или других биологических жидкостях РНК сохраняется достаточно долго (часы-дни) только будучи в «спрятана» внутри вириона. Свободная РНК «выпавшая» из вирионов или клеток быстро разрушается, присутствующим повсеместно (и очень активным!) ферментом - РНКазой.
Но само по себе выявление вирусной РНК не несёт информации о наличии инфекционного вируса. Часть вирионов может быть неинфекционной. В случае COVID это особенно демонстративно при исследовании кала - там довольно много вирусной РНК, но очень редко удаётся выделить вирус.

[ext_5559557]

Уважаемый Профессор, можно Ваше мнение - как Вы относитесь к новому утверждению, что новый вариант B.1.1.7 для Великобритании может быть связан с более высокой смертностью? Консультативная группа по новым и возникающим угрозам респираторных вирусов (NERVTAG) опубликовала документ, где ряд экспертов высказывается о повышенной смертности, к которой приводит данный вариант. Понятно, что если выше заразность этого варианта, то больше людей инфицируется, больше попадают в больницы, соответственно, смертность будет выше. Однако, эксперты говорят именно о смертоносности самого варианта на 30-40%. Более заразный и одновременно более смертоносный - право, совсем печально...

[prof_afv]

Я этот документ не читал. Насколько убедительны доказательства судить не могу. Пришлите ссылку. В принципе, доказать повышение вирулентности какого-то варианта (если оно не в разы) очень трудно - слишком много confounders.

[prof_afv]

Посмотрел этот документ. Данные очень «сырые». Они сами признают, что корректный анализ по этим данным невозможен. В лучшем случае (точнее в худшем) есть тенденция к повышению тяжести заболевания. Но связано ли это с вирусом или с другими факторами (скажем, перегрузкой госпитальной системы) совсем не ясно. А цифры, особенно относительные (% увеличения риска) надо воспринимать критично. % увеличения/снижения это известный приём, как для «страшилок» так и для «завлекушек».

[ext_5559557]

Уважаемый Профессор, спасибо за Ваше мнение!