Вирусные новости
1. Общий бардак с началом вакцинациий в нашем штате пока продолжается. Дочка первая вакцинировалась через госпиталь, где она работает менеджером по клиническим испытаниям. Идет первая фаза, когда вакцинируют группы риска и жизненно важных работников. При этом к жизненно важным кого только не относят. К счастью, и наша контора туда пробилась, в общем, наши делают медицинские тесты, в том числе на рак и Ковид. В результате попадания в нужный список, нам официально сообщили, что на соответствующем портале штата Вашингтон мы теперь можем сами себя сертифицировать, как подлежащих немедленной вакцинации. Заодно нам прозрачно намекнули, что своих родных тоже неплохо бы вакцинировать таким же образом. И все бы хорошо, сертифицировать себя нетрудно, три клика мышкой. Но потом встает задача, где найти прививку. Ибо все имеющиеся окошки в расписании госпиталей давно заняты другими желающими. К счастью, мне удалось найти недавно развернутую временную станцию по вакцинации прямо около дома, в новом аэропорту Пейн Филд. Оказалось все очень классно организовано. Приезжаешь, проверяют водительские права, и быстро колют в руку, даже из машины выходить не надо, все под открытым небом. Поток машин очень эффективно направляют, куча народу дежурит на проверке, все очень быстро, полчаса - и готово. Пока мы все поимели Модерну. Теперь через месяц нас ждет вторая доза.
2. Насколько эффективна одна доза РНКовой вакцины? В начале вакцинации большинство людей имеет одну дозу. Иммунитет доходит до рабочего состояния через 6-10 дней после прививки. Нарастание иммунного ответа идет первые три недели. По израильским данным о Файзеровской вакцине, через 2-3 недели после первой инъекции эффективность составляет около 50%. Данные предварительные, будут уточняться. А заявленная эффективность в 95% достигается примерно через две недели после второй дозы. В случае Модерны эффективность первой дозы через две недели после укола оценивается как 80%, данные столь же предварительны и неточны. Из хорошего - через две недели после первой дозы ни у кого из все-таки заболевших Ковидом не наблюдались тяжелые симптомы. Вывод - можно меньше дергаться, но надо носить маску.
3. Очень достают многочисленные статьи журналистов про мутации Ковида из серии "Мы все умрем". Если подумать, то все не так страшно, как пишут. Существуют участки вирусных белков, которые абсолютно необходимы для инфицирования и размножения вируса. Мутации в этих участках приводят к потере эффективности за счет естественной выбраковки мутантов, поэтому такие участки одинаковы у всех вирусов. Так называемые "консервативные" участки встречаются и на поверхностных белках, на том самом шипике, который используют для вакцин. И на них при вакцинации вырабатывается иммунный ответ. Вовсе не обязательно, чтобы вирус был на 100% идентичен вакцине. Иммунный ответ вырабатывается не на целое, а на части. Минимальная единица иммунного ответа называется "эпитоп", и он обычно состоит из 5-6 аминокислот. А например тот самый шипиковый белок состоит из >1200 аминокислот, то есть минимум 200 эпитопов. Даже если есть мутации в некоторой части, то вполне достаточно сохранения остальных эпитопов. Именно поэтому производители вакцин обычно отвечают, что их вакцины будут работать несмотря на мутации.
Правда, есть данные про новый штамм из Южной Африки, у которого в шипиковом белке две мутации. Этот штамм тестировали с антителами от переболевших, и оказалось, что в половине случаев антитела против вируса не работали. Причем неработающие антитела встречались у тех, кто болел легко. Объяснение простое - у тех, кто легко болел, вирус слабо размножался, и антитела вырабатывались только на ограниченный набор эпитопов. Следующий этап будет тестирование нового штамма с антителами от вакцинированных. Там неплохи шансы, что работать антитела будут, показано, что титры антител у вакцинированных выше, чем у переболевших. Посмотрим, что будут по этому поводу дальше писать. И не будем забывать про Т-клеточный ответ, который может выглядеть иначе и сильнее, чем антитела. Бояться пока стоит подождать.
4. Другой частый случай журналистских страшилок это цифры о сотнях мутаций. Геном у вируса состоит из 30 тысяч нуклеотидов. Для того, чтобы геном прочесть, его надо выделить из образца пациента. Делается это за счет умножения генетического материала, обычно с помощью ПЦР и фермента ДНК полимераза. Все умножительные ферменты делают ошибки, у некоторых, наиболее распространенных, ошибки лепятся в 1 случае на 200 нуклеотидов. Итого на геном из 30 000 будет сделано 150 ошибок, которые будут выглядеть как мутации. А есть и еще процесс чтения генома, так называемое секвенирование. Которое тоже делается с помощью ДНК полимеразы (секвенирование в процессе синтеза). И у которого ошибок еще больше - 1%. Вопрос в том, как отличить ошибки эксперимента от мутаций? Обычно по их встречаемости у разных больных. И тут важен критерий этой самой встречаемости, сколько надо больных, чтобы проверить, естествення мутация или ошибка при прочтении. К сожалению, у меня нет времени все статьи читать. Но я не верю, что журналистские страшилки про сотни и тысячи мутаций основаны на научной проверке статей. А знающие люди, которые всерьез этой наукой занимаются, говорят, что вирус на удивление мало мутирует. Правда, они же говорят, что сейчас, когда в популяции появляется иммунитет (за счет вакцинаций и заражений), у вирусов появляется стимул к накоплению мутаций (движущий отбор для избегания иммунитета), Так что могут появиться супер-варианты. Плюс отбор на инфекционность, чтобы побыстрее заразить всех, кто еще не имеет иммунитета. Якобы это уже пошло. Но то, что я видела, пока неубедительно - варианты есть, но пока не супер.
5. Наша контора занялась выяснением отличий между иммунитетом, полученным в результате инфекции, и иммунитетом, полученным при вакцинации. Помогает, что у наших уже есть данные (и даже публикация) о естественном иммунитете, так что остается искусственный. А сейчас как раз пошли вакцинации в г. Сиэтле. У наших сотрудничество с большой фирмой по переливанию крови и "кровавой работе" (“Bloodworks”), а у тех - куча давно прикормленых доноров, которые бегут сдавать кровь за деньги, как только их пригласят. Причем нашей конторе нужны иммунные клетки, а это проще, чем сдача цельной крови. Ибо для забора иммунных клеток кровь донора гонят по внешнему контуру, в процессе отсортировывая то, что надо, а остальное возвращая обратно в вену. Так что такую процедуру можно делать часто и без вреда для донора (мы берем всего с десяток милионов клеток). А учитывая, что донор за процедуру получает несколько сотен долларов, они готовы бежать наперегонки по свистку. Есть и другой вариант, многие из наших, включая мою начальницу, сдают клетки бесплатно для пользы науки. Может и я пойду, послужу обществу. Так что образцы, показывающие выработку имунитета при вакцинации скоро появятся. К сожалению, вакцинный проект будет не мой, мой тоже будет по Ковиду, но по диагностике.
Добавление: появились данные, что искусственный иммунитет, полученный от вакцинации, вполне даёт защиту от нового Ю Африканского штамма. Антитела из крови вакцинированных нейтрализуют вирус. И это радует.
Добавление номер 2. Как мне правильно указали специалисты, уровень ошибок у ДНК полимеразы на нынешнем этапе гораздо меньше. Не 1:200, а 2 х 10-4. То есть на 30 тысяч нуклеотидов генома это будет всего 6 ошибок. Но это в одном геноме от одного пациента. Если зараз делать много образцов, а потом ещё их секвенировать, то экспериментальных ошибок будет все же совсем немало.
2. Насколько эффективна одна доза РНКовой вакцины? В начале вакцинации большинство людей имеет одну дозу. Иммунитет доходит до рабочего состояния через 6-10 дней после прививки. Нарастание иммунного ответа идет первые три недели. По израильским данным о Файзеровской вакцине, через 2-3 недели после первой инъекции эффективность составляет около 50%. Данные предварительные, будут уточняться. А заявленная эффективность в 95% достигается примерно через две недели после второй дозы. В случае Модерны эффективность первой дозы через две недели после укола оценивается как 80%, данные столь же предварительны и неточны. Из хорошего - через две недели после первой дозы ни у кого из все-таки заболевших Ковидом не наблюдались тяжелые симптомы. Вывод - можно меньше дергаться, но надо носить маску.
3. Очень достают многочисленные статьи журналистов про мутации Ковида из серии "Мы все умрем". Если подумать, то все не так страшно, как пишут. Существуют участки вирусных белков, которые абсолютно необходимы для инфицирования и размножения вируса. Мутации в этих участках приводят к потере эффективности за счет естественной выбраковки мутантов, поэтому такие участки одинаковы у всех вирусов. Так называемые "консервативные" участки встречаются и на поверхностных белках, на том самом шипике, который используют для вакцин. И на них при вакцинации вырабатывается иммунный ответ. Вовсе не обязательно, чтобы вирус был на 100% идентичен вакцине. Иммунный ответ вырабатывается не на целое, а на части. Минимальная единица иммунного ответа называется "эпитоп", и он обычно состоит из 5-6 аминокислот. А например тот самый шипиковый белок состоит из >1200 аминокислот, то есть минимум 200 эпитопов. Даже если есть мутации в некоторой части, то вполне достаточно сохранения остальных эпитопов. Именно поэтому производители вакцин обычно отвечают, что их вакцины будут работать несмотря на мутации.
Правда, есть данные про новый штамм из Южной Африки, у которого в шипиковом белке две мутации. Этот штамм тестировали с антителами от переболевших, и оказалось, что в половине случаев антитела против вируса не работали. Причем неработающие антитела встречались у тех, кто болел легко. Объяснение простое - у тех, кто легко болел, вирус слабо размножался, и антитела вырабатывались только на ограниченный набор эпитопов. Следующий этап будет тестирование нового штамма с антителами от вакцинированных. Там неплохи шансы, что работать антитела будут, показано, что титры антител у вакцинированных выше, чем у переболевших. Посмотрим, что будут по этому поводу дальше писать. И не будем забывать про Т-клеточный ответ, который может выглядеть иначе и сильнее, чем антитела. Бояться пока стоит подождать.
4. Другой частый случай журналистских страшилок это цифры о сотнях мутаций. Геном у вируса состоит из 30 тысяч нуклеотидов. Для того, чтобы геном прочесть, его надо выделить из образца пациента. Делается это за счет умножения генетического материала, обычно с помощью ПЦР и фермента ДНК полимераза. Все умножительные ферменты делают ошибки, у некоторых, наиболее распространенных, ошибки лепятся в 1 случае на 200 нуклеотидов. Итого на геном из 30 000 будет сделано 150 ошибок, которые будут выглядеть как мутации. А есть и еще процесс чтения генома, так называемое секвенирование. Которое тоже делается с помощью ДНК полимеразы (секвенирование в процессе синтеза). И у которого ошибок еще больше - 1%. Вопрос в том, как отличить ошибки эксперимента от мутаций? Обычно по их встречаемости у разных больных. И тут важен критерий этой самой встречаемости, сколько надо больных, чтобы проверить, естествення мутация или ошибка при прочтении. К сожалению, у меня нет времени все статьи читать. Но я не верю, что журналистские страшилки про сотни и тысячи мутаций основаны на научной проверке статей. А знающие люди, которые всерьез этой наукой занимаются, говорят, что вирус на удивление мало мутирует. Правда, они же говорят, что сейчас, когда в популяции появляется иммунитет (за счет вакцинаций и заражений), у вирусов появляется стимул к накоплению мутаций (движущий отбор для избегания иммунитета), Так что могут появиться супер-варианты. Плюс отбор на инфекционность, чтобы побыстрее заразить всех, кто еще не имеет иммунитета. Якобы это уже пошло. Но то, что я видела, пока неубедительно - варианты есть, но пока не супер.
5. Наша контора занялась выяснением отличий между иммунитетом, полученным в результате инфекции, и иммунитетом, полученным при вакцинации. Помогает, что у наших уже есть данные (и даже публикация) о естественном иммунитете, так что остается искусственный. А сейчас как раз пошли вакцинации в г. Сиэтле. У наших сотрудничество с большой фирмой по переливанию крови и "кровавой работе" (“Bloodworks”), а у тех - куча давно прикормленых доноров, которые бегут сдавать кровь за деньги, как только их пригласят. Причем нашей конторе нужны иммунные клетки, а это проще, чем сдача цельной крови. Ибо для забора иммунных клеток кровь донора гонят по внешнему контуру, в процессе отсортировывая то, что надо, а остальное возвращая обратно в вену. Так что такую процедуру можно делать часто и без вреда для донора (мы берем всего с десяток милионов клеток). А учитывая, что донор за процедуру получает несколько сотен долларов, они готовы бежать наперегонки по свистку. Есть и другой вариант, многие из наших, включая мою начальницу, сдают клетки бесплатно для пользы науки. Может и я пойду, послужу обществу. Так что образцы, показывающие выработку имунитета при вакцинации скоро появятся. К сожалению, вакцинный проект будет не мой, мой тоже будет по Ковиду, но по диагностике.
Добавление: появились данные, что искусственный иммунитет, полученный от вакцинации, вполне даёт защиту от нового Ю Африканского штамма. Антитела из крови вакцинированных нейтрализуют вирус. И это радует.
Добавление номер 2. Как мне правильно указали специалисты, уровень ошибок у ДНК полимеразы на нынешнем этапе гораздо меньше. Не 1:200, а 2 х 10-4. То есть на 30 тысяч нуклеотидов генома это будет всего 6 ошибок. Но это в одном геноме от одного пациента. Если зараз делать много образцов, а потом ещё их секвенировать, то экспериментальных ошибок будет все же совсем немало.