Ухань не виновен! или Откуда ж ты «сбежала», covid_ла?..
Ещё конспирология медицины
Конспировирусология
Александр Панчин / Биология и биотехнологии / Вирусология и медицина/ март, 2020
Существует конспирологическая теория происхождения нового коронавируса SARS-CoV-2. ©Ещё с Панчиным
Сравнение полипротеинов разных коронавирусов. Сверху вниз расположены полипротеины 1ab из SARS-CoV-2, RaTG13 и MA15
В 2015 году в журнале Nature Medicine вышла статья «A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence».
В этой работе учёные из США и Китая описывают создание искусственного гибридного коронавируса. Учёные изучали возможность заражения этим коронавирусом линии эпителиальных клеток лёгких человека. Оказалось, что инфицирование возможно, и авторы предупредили о потенциальной угрозе передачи очередной коронавирусной инфекции от летучих мышей к людям. Ранее, по-видимому, это уже происходило в случае вируса атипичной пневмонии.
Конспирологи отметили тот факт, что китайские специалисты, которые создавали этот гибридный коронавирус, способный заражать клетки человека, работали в Институте вирусологии Уханя и позже продолжили свои исследования. Они же и открыли новое инфекционное заболевание - COVID-19. Что если новый коронавирус SARS-CoV-2 сбежал из китайской лаборатории?
Конечно, забавно, что некоторых конспирологов удивляет даже тот факт, что вирусологи, целенаправленно изучающие коронавирусы, из крупнейшего центра, изучающего коронавирусы, открыли новый коронавирус. А кто ещё мог его обнаружить? Тракторист из Хогвартса?
Но главная проблема этой конспирологической теории в том, что её очень легко проверить. В статье 2015 года указано, что авторы вносили изменения в геном адаптированного к мыши вируса SARS Coronavirus MA15, заменив в нём ген, кодирующий шиповидный белок (Spike protein) на аналогичный из другого коронавируса, который называется RsSHC014-COV. Шиповидный белок позволяет этим вирусам проникать в клетки. Новый вирус назвали SHC014-MA15.
В свободном доступе нетрудно найти геномы коронавирусов MA15, RsSHC014-COV, SARS-CoV-2 и многих других. Эти геномы кодируют белки, аминокислотные последовательности которых можно сравнить.
За пять минут я провёл такой анализ для полипротеина 1ab. Полипротеины 1ab новых коронавирусов (COVID-19) имеют между собой сходство от 99,82% до 100% (identity) - это доля совпадающих аминокислот в выравнивании. Из всех известных вирусов наиболее родственный по этому полипротеину коронавирус летучий мыши - RaTG13 (98,53% сходства). Полипротеин ab из коронавируса MA15 имеет лишь 86,03% сходства. На картинке в начале этой заметки фрагмент выравнивания: сверху вниз расположены полипротеины 1ab из SARS-CoV-2, RaTG13 и MA15. Даже глазами видно, что третий полипротеин отличается больше остальных, то есть эволюционно более далёк.
Ещё за пять минут я провёл такой анализ для шиповидного белка. Как я уже писал, этот ген авторы статьи в Nature Medicine брали из коронавируса RsSHC014 летучих мышей. Эти белки у новых коронавирусов SARS-CoV-2 имеют между собой сходство от 97,8 до 100%. Шиповидный белок из RsSHC014 имеет лишь 77,31% сходства с таковым из SARS-CoV-2. Шиповидный белок из Coronavirus MA15 имеет 75,88% сходства.
А вот наиболее родственный этому белку - его аналог из всё того же коронавируса летучей мыши - RaTG13 (97,41% сходства). Этот коронавирус описан в Китае в 2013 году. Сам он людей не заражает, но у него было полно времени мутировать. Вообще про эволюцию SARS-CoV-2 недавно вышла новая статья в Nature Medicine - «The proximal origin of SARS-CoV-2». Авторы также отвергают гипотезу, что вирус был искусственно сконструирован.
Таким образом, новый коронавирус SARS-CoV-2, который является виновником сложившейся пандемии, не может быть «сбежавшим» из Уханьской лаборатории гибридным вирусом, описанным в 2015 году в журнале Nature Medicine. Кейс закрыт. Это один из примеров того, для чего нужна биоинформатика.
Update:
- Что если сбежал другой вирус?
- А потом учёные вернули его во времени до 2013 года и заразили им летучую мышь. Учёные скрывают машину времени.
- Почему какой-то Ухань оказался в центре истории?
- Надо знать, что Ухань больше Нью-Йорка, Лондона или Парижа.
_______
Источники: ФБ /scinquisitor/ А.Панчина
Александр Панчин
«XXII ВЕК», 24 марта 2020
Конспировирусология
Александр Панчин / Биология и биотехнологии / Вирусология и медицина/ март, 2020
Существует конспирологическая теория происхождения нового коронавируса SARS-CoV-2. ©Ещё с Панчиным
Сравнение полипротеинов разных коронавирусов. Сверху вниз расположены полипротеины 1ab из SARS-CoV-2, RaTG13 и MA15
В 2015 году в журнале Nature Medicine вышла статья «A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence».
В этой работе учёные из США и Китая описывают создание искусственного гибридного коронавируса. Учёные изучали возможность заражения этим коронавирусом линии эпителиальных клеток лёгких человека. Оказалось, что инфицирование возможно, и авторы предупредили о потенциальной угрозе передачи очередной коронавирусной инфекции от летучих мышей к людям. Ранее, по-видимому, это уже происходило в случае вируса атипичной пневмонии.
Конспирологи отметили тот факт, что китайские специалисты, которые создавали этот гибридный коронавирус, способный заражать клетки человека, работали в Институте вирусологии Уханя и позже продолжили свои исследования. Они же и открыли новое инфекционное заболевание - COVID-19. Что если новый коронавирус SARS-CoV-2 сбежал из китайской лаборатории?
Конечно, забавно, что некоторых конспирологов удивляет даже тот факт, что вирусологи, целенаправленно изучающие коронавирусы, из крупнейшего центра, изучающего коронавирусы, открыли новый коронавирус. А кто ещё мог его обнаружить? Тракторист из Хогвартса?
Но главная проблема этой конспирологической теории в том, что её очень легко проверить. В статье 2015 года указано, что авторы вносили изменения в геном адаптированного к мыши вируса SARS Coronavirus MA15, заменив в нём ген, кодирующий шиповидный белок (Spike protein) на аналогичный из другого коронавируса, который называется RsSHC014-COV. Шиповидный белок позволяет этим вирусам проникать в клетки. Новый вирус назвали SHC014-MA15.
В свободном доступе нетрудно найти геномы коронавирусов MA15, RsSHC014-COV, SARS-CoV-2 и многих других. Эти геномы кодируют белки, аминокислотные последовательности которых можно сравнить.
За пять минут я провёл такой анализ для полипротеина 1ab. Полипротеины 1ab новых коронавирусов (COVID-19) имеют между собой сходство от 99,82% до 100% (identity) - это доля совпадающих аминокислот в выравнивании. Из всех известных вирусов наиболее родственный по этому полипротеину коронавирус летучий мыши - RaTG13 (98,53% сходства). Полипротеин ab из коронавируса MA15 имеет лишь 86,03% сходства. На картинке в начале этой заметки фрагмент выравнивания: сверху вниз расположены полипротеины 1ab из SARS-CoV-2, RaTG13 и MA15. Даже глазами видно, что третий полипротеин отличается больше остальных, то есть эволюционно более далёк.
Ещё за пять минут я провёл такой анализ для шиповидного белка. Как я уже писал, этот ген авторы статьи в Nature Medicine брали из коронавируса RsSHC014 летучих мышей. Эти белки у новых коронавирусов SARS-CoV-2 имеют между собой сходство от 97,8 до 100%. Шиповидный белок из RsSHC014 имеет лишь 77,31% сходства с таковым из SARS-CoV-2. Шиповидный белок из Coronavirus MA15 имеет 75,88% сходства.
А вот наиболее родственный этому белку - его аналог из всё того же коронавируса летучей мыши - RaTG13 (97,41% сходства). Этот коронавирус описан в Китае в 2013 году. Сам он людей не заражает, но у него было полно времени мутировать. Вообще про эволюцию SARS-CoV-2 недавно вышла новая статья в Nature Medicine - «The proximal origin of SARS-CoV-2». Авторы также отвергают гипотезу, что вирус был искусственно сконструирован.
Таким образом, новый коронавирус SARS-CoV-2, который является виновником сложившейся пандемии, не может быть «сбежавшим» из Уханьской лаборатории гибридным вирусом, описанным в 2015 году в журнале Nature Medicine. Кейс закрыт. Это один из примеров того, для чего нужна биоинформатика.
Update:
- Что если сбежал другой вирус?
- А потом учёные вернули его во времени до 2013 года и заразили им летучую мышь. Учёные скрывают машину времени.
- Почему какой-то Ухань оказался в центре истории?
- Надо знать, что Ухань больше Нью-Йорка, Лондона или Парижа.
_______
Источники: ФБ /scinquisitor/ А.Панчина
Александр Панчин
«XXII ВЕК», 24 марта 2020