Мост Чкемовани. Ноябрь 1972 года
Впервые территория Аджарии была заселена ещё в каменном веке, что подтверждается археологическими находками возле горного курорта Бешуми. Бассейн реки Чолоки являются одним из главных очагов мировой металлургии. На территории встречается множество памятников бронзового и раннежелезного периодов, в частности, многочисленные артефакты колхидской культуры, носителями которой были древнегрузинские племена колхи.
Аджария с древнейших времён и до наших дней населена картвелами, которые являются аборигенами данной территории. В середине II-ого тысячелетия до нашей эры на территории Западной Грузии и, в частности, Аджарии возникло Колхидское государство, одно из первых грузинских государственных образований в истории и одна из древнейших держав мира.
В конце X века до н. э. колхи присоединяют к своей стране также населенную картвелами область Диаоха (Южная Грузия), однако южную её часть захватывает новообразованное государство Урарту, вызвав этим ряд вооруженных столкновений между двумя царствами. Известно, что в период длительных колхско-урартрийских войн (IX столетие до нашей эры) Аджария вместе с рядом южноколхских земель (Диаохи, Шавшети, Кола) подвергалась многочисленным вторжениям урартрийцев, пытавшихся завоевать выход к Чёрному морю. В этой связи следует сказать, что Аджария была одной из важнейших провинций Колхидского царства, а на её территории находился ряд стратегических крепостей, в частности, главная цитадель древних грузинских племён колхов на юге - крепость Гонио, первое упоминание которой принадлежит Плинию Младшему (I век н. э.).
После катастрофического нашествия северных кочевников скифов и киммерийцев (VIII век до нашей эры) Колхидская держава пришла в упадок, а на месте её древних приморских греческие колонисты стали строить свои торговые полисы. Таким образом, в начале VII века до н. э. был основан Батуми, ныне столица и главный порт Аджарии, а также третий по величине город Грузии. На обломках распавшегося колхидского государства в середине VII века до н. э. местные колхские племена в образуют формально независимое царство Гениохов и Меланхленов, которое было ликвидировано уже в начале VI века до н. э., когда Колхида возродилась, объединившись в Новоколхидское царство под властью старой династии Аэтидов со столицей в Кутаиси.
В период с VI по IV века до нашей эры большая часть нынешней Аджарии находилась в составе Новоколхидского царства, однако её южные районы вместе с остальной Южной Грузией были завоёваны персами и включены ими в 19-ую сатрапию империи Ахеменидов. В IV веке до н. э. в Восточной Грузии возникает ещё одно крупное картвельское государственное образование - Картлийское царство или Иберия со столицей во Мцхета, которое ставит целью объединение всех грузин в рамках единого государства. В этой связи Иберия начала активно конкурировать с Новоколхидским царством за первенство среди картвельских царств. Сначала Аджария вместе с рядом других колхских земель (Арагвети, Сванетия), а затем и вся остальная Колхида мирно перешли под юрисдикцию усиливающейся Иберии и стали частью единого грузинского государства (в письменных грузинских источниках первое упоминание Аджарии, как части Картлийского царства, [Дид Аджара] «Большая Аджария») встречается уже в III в. до н. э.). С этого времени местное население постепенно перестало использовать колхский язык, относившийся к мегрело-лазской подгруппе картвельских языков и стало использовать исключительно древнегрузинский язык, из которого впоследствии и возник аджарский диалект грузинского языка, на котором аджарцы говорят по сей день.
По легенде, из Аджарии началась проповедь христианства в Иберии (Грузии) - после прихода апостола Андрея Первозванного.
После 1878 года Аджария как Батумская область вошла в состав Российской империи. Весной 1918 года, после эвакуации русской армии, Аджария была оккупирована Османской империей. В 1919 году после окончания Первой мировой войны в Батуми высадился британский десант.
После установления 25 февраля 1921 года советской власти в Грузии, турецкие войска по приглашению бежавшего в Батум правительства Республики Грузии 11 марта 1921 года заняли Батумскую область. По подписанному в Москве 16 марта 1921 года Договору о дружбе и братстве между Турцией и РСФСР Турция признала право ССР Грузии на северную часть Батумской области с городом Батумом. 17 марта 1921 года в Батуме началось организованное большевиками восстание против правительства Грузии, которое в ночь с 17 на 18 марта бежало, была провозглашена советская власть, 19 марта 1921 года в Батум вступила 18-я кавалерийская дивизия РККА РСФСР. Турецкие войска отошли на линию границы, описанную в российско-турецком Московском договоре 1921 года (подтверждена как государственная граница ССР Грузии 13 октября 1921 года Карсским договором).
16 июля 1921 года Революционный комитет ССР Грузии издал декрет об образовании Автономной Социалистической Советской Республики Аджаристан в составе ССР Грузии как автономии грузин-мусульман. 5 декабря 1936 года она была переименована в Аджарскую Автономную Советскую Социалистическую Республику.
В 1991 году председателем Верховного совета Аджарской Автономной Республики стал Аслан Абашидзе. После начала гражданской войны он создал собственную армию в качестве противовеса вооружённым группировкам, объединявших сторонников и противников Звиада Гамсахурдии. В отличие от руководства Абхазии и Южной Осетии, Абашидзе не пытался добиваться независимости Аджарии и развивал её как «свободную экономическую зону» с правом оставления таможенных сборов в республике, а в 2000 году добился внесения в Конституцию Грузии особого государственного статуса Аджарии. Фактически он являлся полунезависимым правителем республики. Кроме того, в Батуми располагалась 145-я мотострелковая дивизия ВС России, с руководством которой Абашидзе поддерживал дружеские отношения. До 1999 года ему помогали также российские погранвойска, но после их ухода он начал подготовку собственных пограничников. В связи с присутствием в Аджарии 12-й военной базы ВС России у российского руководства имелся реальный механизм если не влияния, то, по меньшей мере, контроля ситуации в аджарском регионе. Грузия же стремилась вернуть влияние на Батуми. В начале 1990-х руководитель Аслан Абашидзе прибегал к помощи военных 145-й мотострелковой дивизии для защиты автономии от центральных властей Грузии. Демонстрация силы на границе Аджарии предотвратила попытки интеграции полунезависимой республики в состав Грузии.
Противоречия между региональными властями и новыми центральными властями Грузии достигли высокого уровня и вылились в ожесточённое противостояние. Масштабный вооружённый конфликт в автономной республике был предотвращён в результате переговоров между Россией и Грузией. В Аджарию отправился секретарь Совета Безопасности России Игорь Иванов. В ночь с 5 на 6 мая 2004 года Аслан Абашидзе вместе с сыном Георгием покинули Аджарию, вылетев с секретарём Совета Безопасности России в Москву. Аджарский кризис завершился полным подчинением автономии столичным властям Грузии.