Гданьск впервые упоминается в летописи в 997 году в связи с миссией святого Адальберта (Войцеха) в Пруссию. Однако, по данным археологических раскопок, поселение на месте Гданьска существовало уже в V веке н. э.
с 997 по 1308 годы Гданьск находился в составе Польши. 14 ноября 1308 года был захвачен рыцарями Тевтонского (Немецкого) ордена, присоединён к Пруссии и переименован в Данциг. С 1361 года Гданьск становится членом Ганзейского союза, причём одним из важнейших.
В 1466 году, после окончания Тринадцатилетней войны Тевтонского ордена с Польшей, в ходе которой орден потерпел поражение, Гданьск был воссоединён с Польшей и ему было возвращено его первоначальное название. Однако город получил от польского короля Казимира широкие привилегии, благодаря которым его зависимость от Польши фактически оказалась номинальной: город самостоятельно выбирал должностных лиц, вёл почти независимую внешнюю политику и обладал монетной регалией.
В 1468 году в городе возникло местное летописание, представленное «Данцигской хроникой», а в 1498 году началось книгопечатание.
В ходе Войны за польское наследство город был взят войсками русского генерала Миниха. В 1793 году, в результате раздела Польши, Гданьск достался Пруссии и снова стал Данцигом. После взятия в 1807 году французами Данциг был объявлен вольным городом (Данцигская республика), но после разорительной осады в 1813 вернулся к Пруссии.
После Первой мировой войны Данциг по Версальскому мирному договору (1919) получил статус вольного города и находился под управлением Лиги Наций. Договор также передавал Польше территории, дававшие ей доступ к Данцигу, т. н. Данцигский коридор (или Польский коридор), который отделял Восточную Пруссию от Германии. Большую часть населения города составляли немцы, но поляки имели право на свои собственные учреждения, например школы, библиотеки и т. п. Кроме того, по Версальскому договору Польше было предоставлено ведение иностранных дел Данцига и управление железнодорожным сообщением вольного города. Польше было предоставлено право свободного пользования данцигскими водными путями, доками и пр. Данциг входил в таможенную зону Польши. С 1926 года Польша, с согласия Лиги Наций, содержала в гавани Данцига склад военного снаряжения под охраной польских военнослужащих.
В 1939 году Германия потребовала от Польской Республики возвратить город, а также предоставить Германии пути в обход Данцигского коридора для связи с Восточной Пруссией. Отказ Польши стал формальным поводом к началу Второй мировой войны.
1 сентября 1939 года в Гданьске немецкими войсками были атакованы польская почта и небольшой польский гарнизон в форте Вестерплатте. В течение нескольких часов польскую почту обороняли несколько десятков польских патриотов, вооружённых в основном спортивным и охотничьим оружием. Форт Вестерплатте был обстрелян кораблями немецких ВМС. На следующий же день Гданьск вошёл в состав Восточной Пруссии как город Данциг.
Гданьск был освобождён советскими войсками 2-го Белорусского фронта 30 марта 1945 года. В ходе бомбардировок и штурма советскими войсками город был сильно разрушен, в центре разрушения достигали 70-80%.
После войны, по решению Потсдамской конференции, Восточная Пруссия была ликвидирована. Её южная часть, примерно 2/3 общей территории, в том числе и Гданьск, была передана Польше. Немецкое население было депортировано.
Сразу же после войны, уже в конце сороковых годов, несмотря на значительные экономические трудности, в Гданьске началось восстановление старого города. Этот процесс не завершён до сих пор, хотя большая часть работ уже выполнена. В основном не восстановленными остаются руины зерновых амбаров на острове Складов и острове Оловяннка.
В 1980 году в Гданьске возник независимый профсоюз судостроителей «Солидарность», во главе которого встал электрик с гданьской судоверфи Лех Валенса. Впоследствии Лех Валенса стал президентом Польши.