17 апреля 1865 года М.Н.Муравьевъ, въ бытность въ С-Петербургѣ, былъ уволенъ отъ управленія Сѣверо-Западнымъ краемъ и за умиротвореніе и устройство края былъ возведенъ въ графское достоинство.
2-го мая прибылъ въ Вильну, назначенный преемникомъ М.Н.Муравьева по управленію Сѣверо-3ападнымъ краемъ, К.П.Кауфманъ, внесшій, какъ въ дѣла своего предшественника, такъ и вь новыя, имъ самимъ двинутыя, необыкновенное нравственное оживленіе и близость къ народу. Періодъ полутора-годового управленія К.П.Кауфмана Сѣверо-Западнымъ краемъ ознаменовался, между прочимъ, многочисленными присоединеніями къ Православію простолюдиновъ-католиковъ. Скоро по прибытіи К.П.Кауфмана въ Вильну состоялось открытіе, перваго въ этомъ городѣ, православнаго женскаго монастыря.
Когда Н.М.Муравьевъ упразднилъ, въ 1864 году, нѣсколько римско-католическихъ монастырей въ Вильнѣ, у высокопр. Іосифа зародилась мысль обратить одинъ изъ этихъ монастырей на устройство въ немъ женской православной первоклассной обители, и личный для нея составъ заимствовать изъ женскихъ Московскихъ монастырей, «дабы обитель сія была новымъ звеномъ, соединяющимъ нашу страну съ сердцемъ Россіи». Эту мысль митрополита принялъ къ сердцу М.Н.Муравьевъ. Онъ уступилъ для предположенной женской обители, въ 1865 году, монастырь визитокъ. Игуменьею учреждаемаго монастыря назначена была, рекомендованная митрополитомъ Филаретомъ, казначея Московскаго женскаго Алексѣевскаго монастыря, Флавіана, а казначеей-инокиня того же монастыря Антонія. 22-го іюля была совершена Александромъ, епископомъ Ковенскимъ, закладка теплой церкви при новооткрытомъ монастырѣ, а 18 декабря совершено освященіе той же церкви.
4-го августа высокопр. Іосифъ утвердилъ уставъ Виленскаго Свято-Духовскаго братства собственноручного надписью на немъ: «утверждаю, и да благословить Господь начинанія братства». 6-го августа, послѣ архіерейскаго богослуженія въ храмѣ Свято-Духова монастыря, совершилось торжественное открытіе братства во дворцѣ генералъ-губернатора, въ присутствіи К.П.Кауфмана, произнесшего при этомъ рѣчь.
29-го августа преосвященный Александру епископъ Ковенскій, освятилъ каменную часовню, построенную на православномъ кладбищѣ, надь могилами павщихъ во время мятежа воиновъ, а 30-го августа онъ же освятилъ новую часовню, построенную на Георгіевской площади, въ воспоминаніе подвиговъ нашихъ воиновъ и для поминовенія въ ней павшихъ на полѣ брани, при подавленій мятежа и крамолы.
Въ недѣдю Православія, 12 февраля 1866 года, митрополитъ Іосифъ совершалъ богослуженіе въ своей крестовой церкви, а въ день св. Пасхи (27 марта) служилъ всенощное бдѣніе и литургію, въ 12 часовъ ночи, въ большой церкви Свято-Духова монастыря, въ сослуженіи епископа Ковенскаго Александра. Въ тотъ же день митрополиту Іосифу Всемилостивѣйше былъ пожалованъ посохъ, осыпанный драгоценными камнями, при Высочайшемъ рескриптѣ.
Величественное и отрадное зрѣлище представлялъ тогда Западный литовско-бѣлорусскій край въ религіозномъ отнощеніи. Въ мѣстныхъ газетахъ постоянно сообщались свѣдѣнія то о возобновленіи древнихъ церквей, то о заклади и освященіи новыхъ, то объ обращеніи костеловъ въ православные храмы, то о возвращеніи цѣлыхъ приходовъ въ Православіе. Во всѣхъ этихъ дѣлахъ принималъ большее или меньшее участіе митрополитъ Іосифъ. Какъ епархіальный начальникъ, онъ самъ принималъ всѣ бумаги, всѣ доклады, касающіеся епархіальнаго управленія, и полагалъ на нихъ резолюцій. Только въ періоды сильнаго ожесточенія его болѣзни нѣкоторыя епархіальныя дѣла были, по его порученію, разсматриваемы однимъ изъ викарныхъ епископовъ. И хотя владыка самъ не участвовалъ ни въ одномъ торжествѣ освященія или закладки новыхъ храмовъ, но вся подготовительная, такъ сказать, черновая работа, заключительнымъ звеномъ которой были эти торжества, проходила чрезъ его опытныя и властныя руки. То же можно сказать о совершавшемся въ тѣ дни массовомъ движеніи среди католическаго народа къ Правосдавію. Это движеніе было плодомъ того святого дѣда, которое митрополитъ Іосифъ положилъ въ основу западно-русской жизни, и хотя Іосифъ не быдъ иниціаторомъ этого движенія, во оно тѣсно связано съ его авторитетнымъ именемъ. На закатѣ дней владыки оно затихло, а послѣ его смерти и совсѣмъ заглохло. Вотъ почему объ этомъ дѣлѣ слѣдуетъ сказать подробнѣе.
Движеніе къ Правосдавію вызвано было всею совокупностію, недавно совершившихся, важныхъ событій, какъ то: уничтоженiемъ крѣпостного права, недовѣріемъ народа къ ксендзамъ и панамъ, запятнавшимъ себя участіемъ въ минувшемъ мятежѣ, прибытіемъ въ край нѣкоторыхъ русскихъ дѣятелей, одушевленныхъ истинною ревностію къ Православію, но болѣе всего, необыкновеннымъ подъемомъ духа среди мѣстнаго православнаго духовенства, хорошо понимавшаго, что тогдашнія обстоятельства особенно благопріятствовали возвращенію въ Православіе католиковъ-простолюдиновъ, насильно загнанныхъ въ польское католичество во времена владычества Польши. Дѣло возвращенія русскихъ крестьянъ изъ латино-польскаго обряда къ вѣрѣ предковъ ихъ, приняло во всемъ краѣ наиболѣе широкіе размѣры въ 1865 и 1866 годахъ, именно, когда на дѣлѣ осуществились для нихъ блага законной свободы и законнаго пользованія землею, дарованныя имъ Всемилостивѣйшимъ Монархомъ. Признательность къ Царю-Освободителю, Царю православному, при разумномъ содѣйствіи мѣстныхъ дѣятелей, духовныхъ и свѣтскихъ, была первою причиною появившегося движенія среди народа, совсѣмъ не понимавшаго богослужебнаго языка въ костелахъ, непріязненнаго польскимъ панамъ, въ большинствѣ коихъ крестьяне видѣли мятежниковъ, противящихся православному своему Государю, недавнихъ притѣснителей своихъ. Мысль о возвращеніи, или вступленіи въ Православную Церковь отождествлялась въ глазахъ народа съ мыслью о вступленіи въ общерусскую семью, подъ сѣнь одного общаго русскаго Царя, и отторженіи отъ мятежной польщизны.
Со времени мятежа церковь подучила особое притягательное значеніе. не только для православныхъ, но и для католикввъ. По случаю какого-либо нарочитаго праздника, въ церкви находилась всегда масса католиковъ. Духовенство не упускало такихъ благопріятныхъ случаевъ и своими убѣжденіями и вразумленіями пріобрѣтало десятки и сотни новыхъ чадъ Православной Церкви. Кромѣ объясненія «слова Божія», недавно освобожденные отъ «панщины» крестьяне нередко слышали въ церкви, изъ устъ своихъ пастырей, ясные, не ложные отвѣты на всѣ новые запросы ихъ жизни. Все крестьяне, какъ католики, такъ и православные, были убеждены, что только отъ одного «батюшки» можно узнать правду о настоящемъ ихъ положеніи и получить отъ него добрый и искренній совѣтъ. Совѣть батюшки, въ церкви или дома, одному католику негласно передавался прочимъ и свято исполнялся всеми. Въ это время костелъ или безмолвствовалъ, или сбивалъ съ пути своихъ прихожанъ, продолжая ублажать ихъ бывшихъ пановъ, потерявшихъ теперь свою силу и обаяніе въ глазахъ простолюдиновъ. Этимъ костелъ невольно гналъ католиковъ въ православные храмы, гдѣ они находили для себя нравственное и религіозное удовлетвореніе.
Пріемы, употреблявшееся для убѣжденія крестьянъ, отличались кротостью и простотою: священники внушали имъ великое лишеніе, которое испытываютъ они, не причащаясь въ костелѣ крови Христовой, указывали на отсутствие у католиковъ причащенія для дѣтей, въ большинства умирающихъ безъ этого великаго священнаго таинства,- на запрѣщеніе читать Священное Писаніе, изъ коего люди могли бы увидать истину, на непонятный для народа языкъ латинскаго богослуженія и на общепонятность православнаго богослуженія, на древнѣйшее господство Православной Веры среди 6ѣлоруссовъ въ этомъ краѣ. Гражданскіе дѣятели указывали на враждебную Царю проповѣдь въ костелѣ и на участіе ксендзовъ въ мятежѣ, на нравственность семейнаго начала въ жизни у православныхъ священниковъ, на весь складъ русской православной жизни, гдѣ Церковь, Царь и народъ составляютъ одно неразрывное цѣлое. На практикѣ, дѣятели съ любовью входили въ дома крестьянъ, принимали участіе въ ихъ семейныхъ радостяхъ и печаляхъ, участвовали съ ними, въ качествѣ свидетелей, въ торжествѣ присоединенія къ Православной Церкви, въ торжествѣ ихъ браковъ и причащенія дѣтей въ храмѣ Божіемъ. При объѣздѣ деревень входили въ дома православныхъ крестьянъ и явно избѣгали общенія съ упорными сторонниками костела, ксендзовъ и ополяченныхъ помѣщиковъ. Большинство же послѣднихъ, уличенное въ прямомъ или косвенномъ участіи въ мятежѣ, въ единственной заботѣ о самосохраненіи, молчало и притихло. Движеніе началось. Къ естественному движенію пришли на помощь правительственныя поощренія въ видѣ усиленія благосостоянія православныхъ священниковъ, надѣленія безземельныхъ крестьянъ участками государственныхъ имуществъ, въ видѣ денежныхъ пособій нуждающимся, внимательнаго участія къ справедливому отправленію ими рекрутской и другихъ повинностей, развитія народнаго образованія, пріуроченія училищъ и волостныхъ правленій къ православнымъ приходскимъ храмамъ (а не къ костеламъ, какъ было до того времени), созданія и обновленія церквей, снабженія ихъ предметами богослуженія и средствами торжественнаго отправленія такового; завелись хоры пѣвчихъ изъ крестьянъ, образовались изъ нихъ чтецы въ церквахъ.
По свидетельству высокопр. Александра, бывшаго, въ періодъ возсоединенія католиковъ, викаріемъ митрополита Іосифа, Іосифъ относился весьма осторожно и осмотрительно къ заявленіямъ католиковъ, искавшихъ присоединенія къ Православной Церкви. Когда извѣстный дѣятель, князь Николай Хованскій доложилъ митрополиту Іосифу о желаніи многихъ крестьянъ Виленскаго уѣзда присоединиться къ Православію и о необходимости, въ виду заявленнаго ими желанія, обратить нѣкоторые костелы въ церкви, владыка послалъ въ Виленскій уѣздъ епископа Александра, съ тѣмъ, чтобы онъ изслѣдовалъ на мѣстѣ расположеніе умовъ тѣхъ, которые искали присоединенія. Крестьяне повсюду съ восторгомъ встрѣчали преосвященнаго Александра и единогласно ходатайствовали о принятіи ихъ въ Православную Церковь. На вопросъ преосвященнаго Александра: дѣйствительно ли они сами желаютъ присоединенія, или дѣйствуютъ въ данномъ случаѣ по наговору или по совѣту другихъ лицъ, и на его просьбу поразмыслить внимательно объ этомъ серіозномъ дѣлѣ, всѣ единогласно кричали: «мы сами желаемъ быть православными! Долой ксендзовъ, и дайте намъ православныхъ священниковъ»!
За описаннымъ движеніемъ въ Православіе нельзя не признать великой нравственной силы, если оно успѣло увлечь въ потокъ свой четырехъ ксендзовъ и такихъ личностей, какъ князья Друцкій-Любецкій, Радзивиллъ и Огинскій, Деспотъ-Зёновичъ, докторъ Бѣлинскій, Войниловичъ и многіе другіе образованные чиновники. Одинъ возсоединившійся просвѣщенный польскій помѣщикь опредѣлилъ указанное движеніе, назвавъ его разрывомъ, разъ навсегда, связи съ Варшавой и Римомъ. Всего присоединилось въ 1866 году въ Литовской епархіи до 25.194-хъ человѣкъ, не включая сюда 4.254-хъ человѣкъ, принятыхъ въ лоно Православія въ 1865 году.
Съ умножешемъ числа православныхъ, въ послѣдніе два года учреждено было девятнадцать новыхъ приходовъ, и на Высочайшее ассигнованные 500.000 рублей, въ теченіе пяти лѣтъ, съ воспособленіемъ отъ прихожанъ работою, матеріалами и деньгами, было построено пятьдесятъ семь новыхъ церквей, въ томъ числѣ сорокъ каменныхъ. Въ постройкѣ церквей гражданскія власти принимали самое дѣятельное участіе.
Митрополитъ душевно радовался продолжающемуся среди католиковъ движенію въ пользу Православія и старался поощрять, по мѣрѣ возможности, нелегкіе труды священниковъ по присоединенію католиковъ къ Православію.
8-го ноября совершено преосвященнымъ Александромъ, епископомъ Ковенскимъ, въ г.Вильнѣ освященіе возобновленной Николаевской церкви, первоначальное основаніе которой относится къ первой половинѣ 14-го столѣтія. Это была одна изъ пятнадцати вновь перестроенныхъ или устроенныхъ изъ костеловъ церквей, освященныхъ епископомъ Александромъ въ 1866 году. Во время крестнаго хода вокругъ освящаемой церкви запрестольный крестъ несенъ былъ впереди народа начальникомъ губерніи С. О. Панютинымъ, который былъ избранъ приходомъ Николаевской церкви, согласно своему желанію, въ церковные старосты, а хоругви были несены мировыми посредниками и другими чинами высшаго мѣстнаго управленія. На томъ же богослуженіи С.О.Панютинъ, какъ церковный староста, собиралъ на блюдѣ на церковь пожертвованія и собралъ болѣе 100 рублей.
Въ концѣ 1866 года (отъ 9-го октября) К.П.Кауфманъ, высоко поднявшій знамя Православія и русской народности въ Западномъ краѣ, былъ уволенъ въ одиннадцатимѣсячный отпускъ и оставилъ управленіе этимъ краемъ.
26-го мая 1867 года митрополитъ Іосифъ былъ потрясенъ страшнымъ извѣстіемъ о новомъ покушеніи на драгоценную жизнь Монарха, совершенномъ въ Парижѣ, 25-го мая, двадцатитрехлѣтнимъ полякомъ Березовскимъ, питавшимъ мысль о цареубійствѣ съ самаго младенчества. Митрополитъ Іосифъ письменно поздравилъ Государя съ избавленіемъ отъ опасности и получилъ отъ него за это монаршую благодарность. Чрезъ три недѣли послѣ этого событія въ Парижѣ, Государь прибылъ въ Вильну. Пріѣздъ Государя особенно обрадовалъ митрополита, въ виду замѣченнаго среди вновь возсоединенныхъ обратнаго движенія въ латинство, быстро пріостановленнаго теперь властнымъ словомъ Государя. Дѣло въ томъ, что присоединеніе къ Православной Церкви массами уже нѣсколько мѣсяцевъ передъ этимъ остановилось. Многіе изъ присоединенныхъ отказывались отъ данныхъ ими обязательствъ принадлежать къ Православной Церкви. Нѣкоторыя не присоединенныя жены православныхъ супруговъ стали возить дѣтей своихъ въ Вильну, чтобы крестить ихъ по римскому обряду. Нѣкоторые изъ вновь возсоединенныхъ безпрепятственно обращались за совершеніемь требъ къ латинскимъ монахамъ Виленскаго костела всѣхъ святыхъ. Ксендзъ Бояржинскій открыто крестилъ младенцевъ, рожденныхъ отъ православныхъ родителей, принадлежавщихъ къ Юрьево-Гейшишской церкви, посѣщалъ дома православныхъ и внушалъ имъ не повиноваться Православной Церкви. Особенно подстрекали народъ къ отпаденію отставные солдаты изъ римскихъ католиковъ, убѣждавшіе простолюдиновъ, что подъ нашимъ Царемъ живетъ семьдесятъ семь вѣръ и ни одну изъ, нихъ не ломаютъ, а также - костельные братчики, которые въ то время ѣздили по деревнямъ для освященій жителей особымъ способомъ, ставя латинскій крестъ на голову людей, разрѣшаемыхъ отъ Православія, и принимая отъ нихъ деньги. Причины обратнаго движенія зависѣли въ нѣкоторой степени и отъ самаго способа присоединенія къ Православію. При большомъ числѣ ревнителей этого дѣла, разбросанныхъ въ трехъ губерніяхъ и не соединенныхъ въ дѣлѣ столь святомъ, какъ вѣрованіе, ни единствомъ въ убѣжденіяхъ, ни единымъ руководящимъ направленіемъ, нельзя было обойтись безъ частныхъ ошибокъ, безъ частныхъ уклоненій отъ строгой чистоты въ дѣйствіяхъ, хотя уклоненія эти не были ни особенно, рѣзки, ни вредны. Труднѣе всего было удержать въ Православіи бывшихъ грамотныхъ католиковъ. При массовомъ возсоединеніи они присоединялись какъ-то неохотно, говоря: «коли всѣ, то и мы будемъ православными». Они никакъ не могли забыть своихъ излюбленныхъ кантычекъ и своихъ рожанцевъ. Ихъ попрежнему тянуло въ костелъ, гдѣ они, важно возсѣдая на скамьяхъ рядомъ съ сурдутовою шляхтою, громогласно распѣвали разные польскіе гимны, подъ звуки костельнаго органа.
Православное духовенство единодушно высказывало желаніе, чтобы правительство открыто и торжественно заявило о признаніи Православной Вѣры господствующею и въ Западномъ краѣ и о сочувствіи его къ распространенно Православія, а также, - чтобы опровергнуты были преднамеренно распространенные въ народѣ клеветы, наветы и слухи. Желаніе духовенства оправдалось. Принимая въ Вильнѣ новоприсоединенныхъ крестьянъ, Государь сказалъ имъ слѣдующія слова: «Очень радъ васъ видѣть православными; увѣренъ, что вы перешли въ древнюю вѣру края съ убѣжденіемъ и искренно; знайте, что разъ принявшимъ Православіе я ни подъ какимъ видомъ не позволю и не допущу возвратиться въ католичество; знайте это и скажите это отъ меня всѣмъ своимъ». Въ бытность въ Вильнѣ, Государь посѣтилъ почти всѣ Виленскія церкви, православную духовную семинарію и женское духовное училище, обращался съ рѣчами къ вослитанникамъ Литовской семинаріи, воспитанницамъ женскаго духовнаго училища, и вообще былъ особенно милостивъ къ православному духовенству.
Тяжкіе недуги высокопр. Іосифа лишили его возможности лично встрѣтить Государя. Владыка привѣтствовалъ его письмомъ. Въ одинъ изъ трехъ дней пребыванія въ Вильнѣ (11, 12 и 13 іюня) Государь осчастливилъ своимъ посѣщешемъ маститаго архипастыря и этимъ доставилъ великое утѣшеніе недужному святителю. Упорная болѣзнь его, обязанная своимъ развитіемъ, по признанію докторовъ и даже самого больного, вольной или невольной ошибкѣ бывшаго (заядлаго поляка-католика) домашняго его врача Казимира Свидерскаго, не поддавалась никакому лѣченію. Даже послѣ купанья его, по совѣту врачей, въ Бирштанскихъ минеральныхъ водахъ въ м. Бирштанахъ, Виленской губерніи, общее состояніе его здоровья нисколько не улучшилось. Пораженія тѣла его возобновлялись и учащались. Мучительная борьба жизни со смертью продолжалась однако очень долго.
1-го октября Игнатій, епископъ Брестскій, совершилъ освященіе возобновленной древней Пятницкой церкви. Это - первая каменная церковь въ гор.Вильнѣ, сооруженная первою супругою великаго князя Литовскаго Ольгерда, Маріею, на мѣстѣ языческаго капища; церковь воздвигнута изъ развалинъ (уцѣлѣли однѣ полуразрушившіяся и истлѣвшія стѣны безъ крыщи) на средства, собранныя постепенно, начиная еще съ 1842 года, высокопр. Іосифомъ, съ прибавленіемъ нѣкоторой суммы изъ извѣстнаго процентнаго сбора съ имѣній. Какъ храмъ, такъ и иконостасъ. его воспроизведены по образцу Новгородскихъ храмовъ, откуда, какъ извѣстно, заимствовались литовцами образцы для первоначальвыхъ Виленскихъ церквей.
22 октября освященъ Николаевскій каѳедральный соборъ Минскимъ архіепископомъ Антоніемъ Зубкою, вмѣстѣ съ епископами Игнатіемъ Брестскимъ и Александромъ Ковенскимъ. Въ своемъ словѣ преосвященный Александръ приглашалъ слушателей помолиться о здравіи митрополита Іосифа, перваго возстановителя Православія въ этой странѣ, и объ укрѣпленіи ослабѣвшиxъ силъ архипастыря, а также - за упокой графа М.Н.Муравьева († 29 августа 1866 года), «всемѣрно заботившагося о поддержаніи и возвышеніи Православія и давшаго средства на обновленіе сего собора». Митрополитъ, «въ воспоминаніе объ этомъ, столь радостномъ для его сердца, днѣ», пожертвовалъ въ пользу бѣдныхъ г.Вильны, пятьсотъ рублей, препровожденные имъ съ этою цѣлію въ каѳедральный соборъ.
19-го ноября скончался высокопр. Филаретъ, митрополитъ Московскій, на 86-мъ году своей жизни. По этому поводу были совершаемы богослуженія въ Виленскихъ церквахъ, и, кромѣ того, владыка предоставилъ «усердію всего духовенства Литовской епархіи вознести теплыя молитвы о упокоеніи столь знаменитаго заслугами Московскаго архипастыря».