(Untitled)

[vigna]

Comments

[bret]

я думал, что ligation-based с этим хорошо справляется, не?

[_hellmaus_]

Кстати да, как Solid относится к таким повторам?

[vigna]

http://vigna.livejournal.com/172780.html?thread=4258540#t4258540

[vigna]

Ну я думала, что Иллюмина с этим хорошо справляется - и что таки? :(
Там ведь тоже есть стадия амплификации - а значит, если проблемы из-за того, что получается неоднородный кластер (или как там это в солиде называется, группа молекул-потомков одного фрагмента), то они останутся. Если из-за вторичных структур, то тоже.

[bret]

стадия амплификации действительно у обоих, так что на этом этапе выигрывать должна та технология, где циклов меньше (ну или где фермент точнее). Но вот дальше, на стадии детекции - если я правильно понимаю, у Иллюмины это опять полимераза с теми же ошибками, а у солида лигаза, где их быть не должно. Так что, теоретически, если число циклов амплификациии у солида меньше суммарного (амплификации+детекции) числа циклов у иллюмины, солид должен выигрывать. Поправь если ошибаюсь.

[bret]

впрочем, на этапе детекции у иллюмины полимеризация идёт с терминаторами, т.е. должна давать гораздо меньше полимерных ошибок чем просто амплификация, так что просто суммировать тут, конечно, нельзя.

[vigna]

Я вот как раз собиралась это написать. А вторичная структура и лигазе не очень приятна, мне кажется (а у меня там помимо 20С + 30 Т ещё и десяток A-G).
Впрочем, проверить было бы интересно - но у меня солида под рукой нет :)