Вот хороший визуальный пример.
Click to view
Вот я не додумался бы включить второму объекту режим отображения сетки. Насколько нагляднее становится модификатор. В общем, кстати, difference (да и прочие, intersect, там) это не режим, а то что мы получаем в результате применения модификатора. Так boolean становится понятнее, а следовательно и гораздо полезнее.
Хотя, конечно, Zbrush'евский Boolean работает на порядок лучше в плане сетки и визуальном плане, емнип. Надо на него переключаться в пайплайне, я думаю.
P.S.Надо попробовать на этапе создания модели делать все грани острыми, поскольку так быстрее. А потом уже на хайполи накатить Bevel после Subsurf'а. Тогда все грани будут одинаково симпатично сглаженными.