Числа в генетическом коде. Часть 1.
Предыдущие части:
О порядке, который в генетическом коде
Несколько слов о генетическом коде (Часть Ι)
Несколько слов о генетическом коде (Часть ΙΙ)
Последнее предисловие к рассказу о «Сообщении» Творца в генетическом коде
В последней части « Последнего предисловия» мы рассмотрели одну упорядоченность стандартного генетического кода, которую я назвал ( Read more... )
Comments 10
Мы смотрим на картинку на плоскости, но по сути это кубик, поскольку кодон содержит три позиции. И часть вертикального измерения вырождена. Соответственно мы говорим о симметричном членении трёхмерной матрицы с некоторыми вложенными асимметричностями. R и Y как кодирование слепленных столбцов третьего измерения читаются плоховато, всё время вниманием спотыкаешься и докручиваешь. С другой стороны если этого не сделать вся логика расчёта перестаёт работать, насколько я понимаю.
Если белок встречается несколько раз при суммирование разных кодирующих последовательностей он суммируется по массе столько раз сколько встречается? AGR CGN добавят 174 в две разные суммы свой вес (или в одну дважды), верно? При этом AGA и AGG такого удвоения не создадут.
Игры с альтернативными членениями имеют смысл если такой ход хорошо обоснован, я пока не вполне уловил его обоснование.
Reply
Так, возможно тут где-то контакт потерян)) Надо понять, на какой стороне проблема (поскольку я на всё это уже смотрю довольно долго, но в одиночку, без диалога, я могу реально не понимать, что пропустил что-то важное для понимания, а могу в чём-то из заблуждаться без обратной связи).
Тезисно:
1) Когда мы говорим об обобщённом представлении кода, табличка становится существенно двумерной.
2) Про "кодирующую последовательность" не понял - в смысле, кодоны? Обобщённые кодоны AGR и CGN добавят 4 слагаемых (2е боковые цепи и 2 остова) в 4 суммы. Да, AGA и AGG в обобщенном представлении кода это один кодон (и два слагаемых - боковая цепь и остов).
3) Ниже, на всякий случай - анимированная гифка с порождением сумм 333 и проч.
( ... )
Reply
Да, спасибо за содержательный ответ. Гифка отличная, как раз про трёхмерный куб становящийся двумерной табличкой.
> табличка становится существенно двумерной
Всё же нет, с двумерной таблицей работать удобно - её проще нарисовать, но по сути она остаётся трёхмерной потому что по вертикали идёт фрактальная мерность - групповая и частная, по сути два мерности свёрнуты в одну. От этого при первом прочтении плоская таблица очень плохо читается - всё-таки ожидается два измерения. Но с кодонами размером в три символа деваться некуда.
> обобщённые кодоны выделяются естественным образом
> представление таблицы кода с обобщёнными кодонами в научной литературе встречается не раз
Вот наверное это ключевое. Это в самом деле более или менее общепринятое обобщение имеющее какой-то функциональный смысл? В чём "естественность" выделения - с чисто лингвистической точки зрения если у слова "зуб" и "зуд" обнаруживается сходный смысл мы не начинаем писать "зу*". С другой стороны для логических систем запись 101 & 100 в самом деле может быть 10*.
Reply
Физически, конечно триплет есть триплет, речь о том, что три нуклеотида неравноправны с точки зрения информации о значении кодона.
Функциональный смысл простой - при выборе 1о и 2о нуклеотида в ячейках "семейств" очень естественно объединяются "обобщенные" кодоны (там смысл не похожий, а идентичный, т.е. "сжатие без потерь"). А если выбрать 1й и 3й или 2й и 3й "сжатия" практически не будет - почти в каждой ячейке так и будет по 4 кодона с разными значениями.
Конечно, это чисто логическое "сжатие". Но вполне очевидное, так часто изображают г. код, в том числе и в Википедии.
Reply
Нашел ли сообщение в коде сам Щербак? На чем он остановился?
Reply
Если вопрос про смысл, т.е. интерпретацию, то он пишет так в статье 2013 года (предлагает поискать в геноме, используя найденное как ключ):
Possible interpretation. Besides having the function of an intelligent signature as such, the signal in the genetic code might also admit sensible interpretations of its content. Without claim to be correct, here we propose our own version. It is now tempting to think that the main body of the message might reside in genomes (Marx, 1979; see also Hoch & Losick, 1997). Though the idea of genomic SETI (Davies, 2010) might seem naïve in view of random mutations, things are not so obvious. For example, a locus with a message might be exposed to purifying selection through coupling to essential genes, and there is even possible evidence for that (ibid.). Whatever the case, the ideogram does seem to provide a reference to genomes. Thus, complementary mirror-symmetrical bases of the short upper string (Fig. 9a) resemble Watson-Crick pairs; the four central bases TC|GA and the central axis therefore ( ... )
Reply
Спасибо. В общих чертах понятно, но, конечно, мне требуется еще все это проработать.
Reply
Говорится про 4 суммы, но на диаграмме шесть сумм. Понятно, в чем дело, но может быть сделать небольшую отписку в тексте.
Reply
>Рис. 3.
По-моему стоило бы его описать чуть подробнее. Было бы хорошо специально отметить, уникально ли число 37 в этом отношении или есть и другие.
>эти деления подсвечены на рисунке
эти деления подсвечены желтным фоном на рисунке
Reply
Про 37 надо подумать (вообще, уникально, но надо ли перебрать все причины по которым 3значное число может быть "красивым"), остальное поправил.
Reply
Leave a comment