Последнее предисловие к рассказу о «Сообщении» Творца в генетическом коде
В котором Вы впервые увидите один из элементов «Сообщения» в собственном смысле слова, а так же три упорядоченности, тесно связанные с «Сообщением», которые при этом достаточно просты и заметны, и которые были найдены (и даже не однократно) исследователями, работавшими в рамках «научной картины мира», при поиске чего-то, что могло бы пролить свет ( Read more... )
Comments 28
Маленькая опечатка:
>Семейство кодонов, кодоноы
Далее в связи с
>Тем не менее, её могло бы и не быть, и на деле существуют варианты генетического кода (у некоторых организмов), в которых эта симметрия отсутствует.
Может быть это утверждение расширить. Может быть в самом начале сказать, сколько таблиц кодировки возможно. Также обсуждают вопрос помехоустойчивости кодировок. Может быть это также упомянуть. Я понял, что даже с учетом помехоустойчивости число вариантов остается достаточно большим.
Другой вопрос об универсальности кода. Получается есть организмы исключения? Что происходит с закономерностями у них?
В целом, большое спасибо. Никогда ранее не задумывался над вопросом таблицы кодировки. В биологии этому вопросу как-то не уделяется особого внимания.
Reply
Исправил кое-какие опечатки.
>Интересно, каким образом люди искали такие закономерности.
То что Румер нашёл - в общем-то перед глазами. "Математик" посмотрит внимательно и скажет "ага!". Хасэгава с Миятой, по-моему, как раз эволюционные гипотезы искали - смотрели, есть ли какая-то разница в заполнении разных кодонов аминокислотами. Вот, оказывается, чем больше кодонов кодирует аминокислоту, тем она легче (и проще по структуре, как следствие). Ну, может, заполнение этих ячеек кода - эволюционно первичнее, сказали Хасэгава с Миятой (если не ошибаюсь, но я толком их работу не читал, т.к. основной результат и так понятен и пересказан у Щербака с Макуковым). Вот насчёт третьей - баланса Даунса и Ричардсона не очень понятно. Идея смотреть нуклонные числа, а не молекулярные массы несколько странна. Но посмотреть "сбалансированность" белков, в принципе, идея не слишком странная.
По поводу альтернативных кодов:
https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_and_RNA_codon_tables#Alternative_codons
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi
( ... )
Reply
Про вторую закономерность немного изменил. Там забавно, конечно, - "абстрактная" зависимость числа кодонов от массы и "функциональная" - числа кодонов от доли в белках отчасти конфликтуют. Конфликт решён так, что распределение по массе оказывается приоритетно для распределения по группам 2 и 4 (абсолютно приоритетно), а группа 6 в основном соответствует своей доли в белках, а в корреляции числа кодонов и массы не участвует. Что ещё более забавно, при виртуальной симметризациии кода при построении Каллиграммы, распределение масс становится абсолютно определяющим для групп 2-3-4. Хочется даже что-то ироническое написать в соответствующем месте рассказа, но это, наверное, лишнее.
Reply
"Вторая упорядоченность" вовсе не курьез, а возникла (или была предусмотрена) в связи с потребностью организмов в той или иной аминокислоте. Я добавил к вашей картинке процентное соотношение аминокислот в белках, где наглядно видно, что наиболее используемые аминокислоты кодируются бόльшим количеством кодонов, и наоборот. Соответственно, "первая упорядоченность" тоже произошла по этой же причине.
( ... )
Reply
Что меня удивляет - что одну аминокислоту кодируют совершенно разные кодоны. Я по простоте душевной ожидал, что при этом будет просто меняться третий нуклеотид, но нет, кодон просто меняется полностью. Это меня сильно удивляет.
Reply
С другой стороны, то, что кодон - это именно кодон, а не единичный нуклеотид, выполняет функцию устойчивости к шумам. Если один нуклеотид из триплета сбойный, то система должна как-то с этим жить. Так что мне как раз понятнее, что кодоны совсем разные.
Reply
Ну, это надо разработчиков спрашивать)). Не исключено, что это произошло в процессе постепенного увеличения количества используемых аминокислот (Москва не сразу строилась). Первоначально могли использоваться только 9 аминокислот, кодируемых двумя кодонами, потом потребовалось добавить другие, и из-за них пришлось добавить третий кодон (а ведь это серьезное изменение структуры рибосомы). Шесть вариантов на одну аминокислоту - явно это делалось с какой-то практической целью, а не для того, чтобы дать подсказку будущим животным с переразвитым мозгом.
Reply
Спасибо, да понятнее становится.
Из замечаний: обозначение Н, вводимое как "H = T, C, A" не очень хорошо с точки зрения выбранной буквы, т.к. есть ещё Н - кодируемая СAY. В прошлый раз я сильно застрял в этом месте, глядя не на ту "Н")))
Reply
Это не я придумал, это по-офенски по-научному))
https://en.m.wikipedia.org/wiki/Nucleic_acid_notation
Reply
Они даже не муж и жена.
Reply
Спасибо за замечание)
Reply
Красивое. Смущает только, что для одного вывода пролин берётся в расчёт как исключение (и делится одним способом), а для второго корректируется до общего правила (и делится другим способом).
Reply
Ага, замечание в тему. Это к вопросу, который задан в конце, про то, "чего тогда следует ожидать?" [если это часть намеренно оставленного сообщения]. Пора мне писать "ответ" в следующей части.
P.S.
В этой части уже есть "спойлер", что упорядоченность в которой пролин корректируется - часть "Сообщения", а та, в которой он не корректируется, т.е. как бы "естественный" баланс кода, - нечто сопутствующее, найденное вне контекста поиска чего-то "разумного на вид" (что можно ретроспективно воспринимать как возможную подсказку, если признать в конце концов, что "Сообщение" существует).
Reply
Я следующую часть сейчас опубликовал, но про естественный баланс (в котором пролин не корректируется) там как-то не нашлось место особо говорить (там просто из рассказанных упорядоченностей становится понятно, что этот баланс не часть сообщения в строгом смысле, а просто некое дополнение). Если после прочтения новой части всё равно хочется комментария, напишите там, пожалуйста, я там отвечу.
Reply
Leave a comment