Познакомившись с мифологической Беотией и осмотрев её природные красоты, мы вступаем в царство истории. И первым по хронологической шкале нас встретит каменный век. Зал 3. Экспозиция небольшая, но дающая представление о различных областях неолитической жизни.
Есть в Беотии стоянки эпохи неолита. Расположены они были преимущественно вдоль берегов рек и на побережье пролива Эврип и ныне осушенного озера Копаида. Люди каменного века оставили нам множество предметов своего быта: глиняные и мраморные фигурки, пиритовые и обсидиановые ножи, рыболовные крючки, принадлежности для ткачества, керамику, украшения из раковин, булавки, наконечники стрел и пр.