Фонетический вопрос.

[tuzemka]

 В одном реферате на "больную" тему прочла: "Слова что и кто различаются звуками [ш] и [к], а не буквами". Кому не лень, разъясните мне, это как? Я-то, по серости своей, всегда полагала обратное. 8-)