Большая молекулярная статья
Alkathiry H.A., Alghamdi S.Q., Sinha A., Margos G., Stekolnikov A.A., Alagaili A.N., Darby A.C., Makepeace B.L., Khoo J.J. 2024. Microbiome and mitogenomics of the chigger mite Pentidionis agamae: potential role as an Orientia vector and associations with divergent clades of Wolbachia and Borrelia. BMC Genomics, 25, 380. DOI: 10.1186/s12864-024-10301-6 (открытый доступ).
Очередная работа по материалу из южной части Саудовской Аравии, сделанная на базе Ливерпульского университета. Авторы из Саудовской Аравии, Великобритании, США, Германии и России. Главный результат: возбудителя кустарникового тифа (риккетсию из рода Orientia) нашли в клещах-краснотелках Pentidionis agamae. Это довольно неожиданно, поскольку до сих пор считалось, что резервуарами инфекции в природных очагах кустарникового тифа являются грызуны, а Pentidionis agamae паразитирует на ящерицах. С другой стороны, эта находка еще не доказывает, что данный вид может быть переносчиком кустарникового тифа. Его нападения на человека не отмечались - однако и вообще на Ближнем Востоке до сих пор не описаны случаи нападения краснотелок на человека - кроме одного, когда оно косвенно предполагалось (струпы, похожие на те, которые бывают при укусах краснотелок, а потом у пациента развился кустарниковый тиф).
Кроме того, в статью запихнули и другие результаты: описание вольбахий и боррелий из клещей-краснотелок, а также выявление у разных видов клещей последовательностей COI (митохондриальный ген, который традиционно используют для баркодинга). У Pentidionis agamae описали полный митохондриальный геном. Как это обычно делается, взяли все известные последовательности COI клещей-краснотелок из генбанка, добавили новые последовательности и построили гигантскую круговую дендрограмму сходства. Разумеется, она мало отличалась от предыдущего такого построения, сделанного в прошлом году поляками, и вышла достаточно бредовой. Виды из одного рода обычно группировались вместе, но некоторые попадали в удаленные ветви. Группировки родов, за немногими исключениями, были за пределами здравого смысла. Интересно, что рядом оказались два вида из разных триб, но оба из родов, паразитирующих на птицах.
Вообще, давно уже известно, что COI плохо работает на высоких уровнях иерархии (чем выше, тем хуже) и данные об эволюции, которые он дает, подвержены сильным искажениям - например, из-за влияния паразитов, таких как упомянутые выше вольбахии, избирательно убивающие самок. Ну и вообще у митохондриального генома своя эволюция, необязательно совпадающая с таковой у ядерного генома. Однако дендрограммы строят и строят. В нашей статье основной автор написал, что "Полученный результат не согласуется с данными классической таксономии". Подразумевается, конечно, отправка отсталой классической таксономии на свалку истории, в свете прогрессивного молекулярного метода, но что-то мне кажется, что дендрограммы, основанные на COI, окажутся там раньше - вследствие своей очевидной бессмысленности ))
Очередная работа по материалу из южной части Саудовской Аравии, сделанная на базе Ливерпульского университета. Авторы из Саудовской Аравии, Великобритании, США, Германии и России. Главный результат: возбудителя кустарникового тифа (риккетсию из рода Orientia) нашли в клещах-краснотелках Pentidionis agamae. Это довольно неожиданно, поскольку до сих пор считалось, что резервуарами инфекции в природных очагах кустарникового тифа являются грызуны, а Pentidionis agamae паразитирует на ящерицах. С другой стороны, эта находка еще не доказывает, что данный вид может быть переносчиком кустарникового тифа. Его нападения на человека не отмечались - однако и вообще на Ближнем Востоке до сих пор не описаны случаи нападения краснотелок на человека - кроме одного, когда оно косвенно предполагалось (струпы, похожие на те, которые бывают при укусах краснотелок, а потом у пациента развился кустарниковый тиф).
Кроме того, в статью запихнули и другие результаты: описание вольбахий и боррелий из клещей-краснотелок, а также выявление у разных видов клещей последовательностей COI (митохондриальный ген, который традиционно используют для баркодинга). У Pentidionis agamae описали полный митохондриальный геном. Как это обычно делается, взяли все известные последовательности COI клещей-краснотелок из генбанка, добавили новые последовательности и построили гигантскую круговую дендрограмму сходства. Разумеется, она мало отличалась от предыдущего такого построения, сделанного в прошлом году поляками, и вышла достаточно бредовой. Виды из одного рода обычно группировались вместе, но некоторые попадали в удаленные ветви. Группировки родов, за немногими исключениями, были за пределами здравого смысла. Интересно, что рядом оказались два вида из разных триб, но оба из родов, паразитирующих на птицах.
Вообще, давно уже известно, что COI плохо работает на высоких уровнях иерархии (чем выше, тем хуже) и данные об эволюции, которые он дает, подвержены сильным искажениям - например, из-за влияния паразитов, таких как упомянутые выше вольбахии, избирательно убивающие самок. Ну и вообще у митохондриального генома своя эволюция, необязательно совпадающая с таковой у ядерного генома. Однако дендрограммы строят и строят. В нашей статье основной автор написал, что "Полученный результат не согласуется с данными классической таксономии". Подразумевается, конечно, отправка отсталой классической таксономии на свалку истории, в свете прогрессивного молекулярного метода, но что-то мне кажется, что дендрограммы, основанные на COI, окажутся там раньше - вследствие своей очевидной бессмысленности ))