Исследователи FightAIDS@Home тестируют новые методы моделирования
Кратко:
Исследовательская группа второй фазы FightAIDS@Home разрабатывает и тестирует новые способы использования огромных вычислительных мощностей World Community Grid. Их цель состоит в том, чтобы использовать в качестве основы результаты первой фазы, задействовав ресурсы добровольцев как можно более эффективно.
Эта молекула, известная как AVX101124, была идентифицирована в фазе 1 FightAIDS@Home как важная для нашего продолжающегося исследования.
Обзор
Наша команда FightAIDS@Home - Phase 2 потихоньку акклиматизируется к управлению исследовательским ПО на этом очень мощном, но нетрадиционном вычислительном ресурсе. Мы анализируем предварительные результаты первых партий исследовательских задач, которые были использованы для тестирования различных приближений моделирования и доводились наиболее эффективным способом использования огромного количества донорского вычислительного времени. Мы также составляем большой набор новых рабочих юнитов, пока переоснащаем нашу подготовку данных и анализируем конвеерную обработку, чтобы идти в ногу с массовым притоком результатов.
Используя моделирование BEDAM для FightAIDS@Home - Phase 2 представляет собой огромную возможность для уточнения и обогащения результатов первой фазы. Однако, прежде чем уточнять и хиты, выявленные в первой фазе, и новые соединения, изучаемые нашими сотрудниками HIVE Центра, нам необходимо разработать и протестировать новые способы, чтобы запустить нашу программу при ограничениях, налагаемых сеткой вычислительной инфраструктуры.
Детали
Текущий набор исследовательских задач ('рабочих юнитов') был разработан, чтобы служить трем целям. Во-первых, мы оцениваем, как наша новая схема моделирования, специально разработаная для свободных энергетических расчетов с использованием распределенных и гетерогенных ресурсов World Community Grid соотносится с результатами более традиционных однородных высокопроизводительных кластеров. Мы запустили два различных набора моделирования на World Community Grid, которые отличаются в том, как моделирующиеся параметры функции энергии варьируют на многих копиях каждого целевого лиганд-белкового комплекса. Во-вторых, моделирование позволяет пересмотреть вычисления связывания свободных энергий (связывающих баллов) и прогнозировать режимы (позы) связывания для хорошо изученного набора белка ВИЧ-интегразы, что мы изучали ранее в SAMPL4 соревновании предсказания связывания свободной энергии. Выполняя эти различные моделирования на этом тестовом наборе комплексов, мы можем конструировать и оптимизировать будущие партии моделирования, чтобы быть как можно более эффективными с точки зрения ресурсов добровольцев.
Первый набор результатов моделирования (эксперименты 0-52) почти завершен и был проанализирован. Мы ожидаем, что эта первая схема моделирования значительно превосходит вторую схему, тестируемую в экспериментах 53-105. Мы примерно на 60% с этими эти первыми 106-ю экспериментами и если предварительный анализ второй серии экспериментов доказывает наша гипотеза верна, то мы можем завершить второй набор моделирования до выполнения в целях перехода к новым партиям, с использованием лучшей схемы моделирования.
Кроме того, в то время как вы кранчили наши рабочие юниты без репликации (кворум 1), мы разработали партии, имеющие встроенную избыточность - это означает, что исследовательские задания назначаются более одного раза для того, чтобы сравнить результаты и подтвердить их достоверность - что, как мы заключаем теперь, - слишком консервативно. Из анализа первого набора партий очевидно, что нынешние протоколы моделирования могут быть сокращены для будущих партий, что позволяет нам моделировать больше комплексов одновременно на World Community Grid, продвигаясь вперед. Сейчас мы готовим следующий набор партий, используя результаты стыковки с большими комплексами из соревнования SAMPL4, которые мы недавно получили из лаборатории MGL Скриппса.
Мы ожидаем, что этот первый год FightAIDS@Home Phase 2 будет чрезвычайно полезным для нашей группы и сотрудников Центра HIVE и мы очень благодарны IBM за то, что дали эту возможность, и главное, волонтерам World Community Grid.
Это также был захватывающий месяц для лаборатории Леви. Это наше удовольствие сообщить, что январский выпуск Protein Science является специальный выпуском в знак признания вклада Рональда Леви в области вычислительной биофизики! Выпуск можно свободно читать онлайн. Профессор Рон Леви, который разработал инструмент BEDAM используемый в данной фазе проекта, проводит молекулярные симуляции в фазе 2, и мы очень рады помочь отпраздновать его достижения в этой области.
новость (на англ.)
Исследовательская группа второй фазы FightAIDS@Home разрабатывает и тестирует новые способы использования огромных вычислительных мощностей World Community Grid. Их цель состоит в том, чтобы использовать в качестве основы результаты первой фазы, задействовав ресурсы добровольцев как можно более эффективно.
Эта молекула, известная как AVX101124, была идентифицирована в фазе 1 FightAIDS@Home как важная для нашего продолжающегося исследования.
Обзор
Наша команда FightAIDS@Home - Phase 2 потихоньку акклиматизируется к управлению исследовательским ПО на этом очень мощном, но нетрадиционном вычислительном ресурсе. Мы анализируем предварительные результаты первых партий исследовательских задач, которые были использованы для тестирования различных приближений моделирования и доводились наиболее эффективным способом использования огромного количества донорского вычислительного времени. Мы также составляем большой набор новых рабочих юнитов, пока переоснащаем нашу подготовку данных и анализируем конвеерную обработку, чтобы идти в ногу с массовым притоком результатов.
Используя моделирование BEDAM для FightAIDS@Home - Phase 2 представляет собой огромную возможность для уточнения и обогащения результатов первой фазы. Однако, прежде чем уточнять и хиты, выявленные в первой фазе, и новые соединения, изучаемые нашими сотрудниками HIVE Центра, нам необходимо разработать и протестировать новые способы, чтобы запустить нашу программу при ограничениях, налагаемых сеткой вычислительной инфраструктуры.
Детали
Текущий набор исследовательских задач ('рабочих юнитов') был разработан, чтобы служить трем целям. Во-первых, мы оцениваем, как наша новая схема моделирования, специально разработаная для свободных энергетических расчетов с использованием распределенных и гетерогенных ресурсов World Community Grid соотносится с результатами более традиционных однородных высокопроизводительных кластеров. Мы запустили два различных набора моделирования на World Community Grid, которые отличаются в том, как моделирующиеся параметры функции энергии варьируют на многих копиях каждого целевого лиганд-белкового комплекса. Во-вторых, моделирование позволяет пересмотреть вычисления связывания свободных энергий (связывающих баллов) и прогнозировать режимы (позы) связывания для хорошо изученного набора белка ВИЧ-интегразы, что мы изучали ранее в SAMPL4 соревновании предсказания связывания свободной энергии. Выполняя эти различные моделирования на этом тестовом наборе комплексов, мы можем конструировать и оптимизировать будущие партии моделирования, чтобы быть как можно более эффективными с точки зрения ресурсов добровольцев.
Первый набор результатов моделирования (эксперименты 0-52) почти завершен и был проанализирован. Мы ожидаем, что эта первая схема моделирования значительно превосходит вторую схему, тестируемую в экспериментах 53-105. Мы примерно на 60% с этими эти первыми 106-ю экспериментами и если предварительный анализ второй серии экспериментов доказывает наша гипотеза верна, то мы можем завершить второй набор моделирования до выполнения в целях перехода к новым партиям, с использованием лучшей схемы моделирования.
Кроме того, в то время как вы кранчили наши рабочие юниты без репликации (кворум 1), мы разработали партии, имеющие встроенную избыточность - это означает, что исследовательские задания назначаются более одного раза для того, чтобы сравнить результаты и подтвердить их достоверность - что, как мы заключаем теперь, - слишком консервативно. Из анализа первого набора партий очевидно, что нынешние протоколы моделирования могут быть сокращены для будущих партий, что позволяет нам моделировать больше комплексов одновременно на World Community Grid, продвигаясь вперед. Сейчас мы готовим следующий набор партий, используя результаты стыковки с большими комплексами из соревнования SAMPL4, которые мы недавно получили из лаборатории MGL Скриппса.
Мы ожидаем, что этот первый год FightAIDS@Home Phase 2 будет чрезвычайно полезным для нашей группы и сотрудников Центра HIVE и мы очень благодарны IBM за то, что дали эту возможность, и главное, волонтерам World Community Grid.
Это также был захватывающий месяц для лаборатории Леви. Это наше удовольствие сообщить, что январский выпуск Protein Science является специальный выпуском в знак признания вклада Рональда Леви в области вычислительной биофизики! Выпуск можно свободно читать онлайн. Профессор Рон Леви, который разработал инструмент BEDAM используемый в данной фазе проекта, проводит молекулярные симуляции в фазе 2, и мы очень рады помочь отпраздновать его достижения в этой области.
новость (на англ.)