Храм Иоанна Предтечи в Комрате, как и многие церкви Гагаузии, имеет непростую судьбу. Он был построен в 1840 году, и действовал до 1961 года, пока не был закрыт по решению коммунистических властей. При этом, были сожжены все церковные записи и книги, написанные на старославянском, молдавском и гагаузском языках.
Партийные функционеры не пощадили и икон. Их погрузили на трактор и отвезли на городскую пекарню. В течении нескольких дней город ел хлеб, выпеченный на огне, в котором были сожжены изображения святых. Только икона Божьей Матери чудесным образом была спасена. Когда трактор вез прицеп с иконами на пекарню, она выпала из прицепа. Одна из жительниц Комрата подобрала икону, отнесла домой и спрятала. Благодаря этому икона дожила до наших дней. Только глубокие царапины на лике Девы Марии, полученные при падении иконы из прицепа, напоминают теперь о прошлом.
В 1986 году, во время сильного землетрясения, в музее, расположенном в здании храма, упали и разбились два бюста Ленина. Это было первым знаком того, что церковь пора вернуть православным. А в 1987 году из дома, где хранилась спасенная икона, стали раздаваться звуки, похожие на плачь младенца. Никто не мог тогда понять, что же происходит. Соседи обратились за советом в один из монастырей. "Икона должна быть возвращена в Храм", - такой они получили ответ.
А спустя какой-то год, благодаря настойчивости комратчан, Храм Иоанна Предтечи был вновь открыт для прихожан, и чудом спасенная икона Божьей Матери вернулась на свое место.