5 августа 1941 года напротив монумента взорвалась 1000-килограммовая фугасная бомба. Образовалась воронка глубиной свыше десяти метров и диаметром около тридцати, были уничтожены трамвайные рельсы, подземные коммуникации, частично разрушены близлежащие здания. Взрывная волна сбросила памятник Тимирязеву с пьедестала. Его вернули на место спустя несколько часов. Внизу мантии и у левой ноги скульптуры до наших дней сохранились следы от осколков бомбы.