Внешняя окраска спины и боков большинства ящериц зеленая, бурая, серая или черная, часто с узором в виде продольных и поперечных полос или пятен. Большинство видов способно изменять окраску или ее яркость за счет дисперсии и агрегации пигмента в особых клетках кожи, называемых меланофорами.
Чешуи могут быть как мелкими, так и крупными, они могут располагаться вплотную друг к другу (как плитка) или внахлест (как черепица). Время от времени они преобразованы в шипы или гребни. У отдельных ящериц, например сцинков, внутри роговых чешуй находятся костные пластинки, называемые остеодермами, придающие покровам дополнительную прочность. Все ящерицы время от времени линяют, скидывая наружный слой кожи.
Конечности ящериц устроены по-разному, в зависимости от образа жизни вида и поверхности субстрата, по которому он обычно передвигается. У большинства лазающих форм, например анолисов, гекконов и некоторых сцинков, нижняя поверхность пальцев расширена в подушечку, покрытую щетинками - разветвленными волосовидными выростами наружного слоя кожи. Эти щетинки зацепляются за мельчайшие неровности субстрата, что позволяет животному перемещаться по вертикальной поверхности и даже вверх ногами.
Верхняя и нижняя челюсти ящериц имеют зубы, а у отдельных они находятся и на небных костях (крыше ротовой полости). На челюстях зубы держатся двумя способами: акродонтно, почти полностью срастаясь с костью, как правило, по ее краю и не сменяясь, либо плевродонтно - непрочно прикрепляясь к внутренней стороне кости и регулярно сменяясь. Агамы, амфисбены и хамелеоны - единственные ящерицы на сегодняшний день с акродонтными зубами.