Омская военная прогимназия была образованна из Омской военно-начальной школы (которая возникла в 1858 г. из бывшего батальона военных кантонистов), призванная давать образование детям беднейших дворян и заслуженных нижних чинов. Она готовила своих воспитанников (детей офицеров и чиновников) к поступлению в юнкерские училища либо (менее успешных) - в специальные школы военного ведомства, выпускавшие унтер-офицеров для нестроевых должностей.
В 1867 г. Омская военно-начальная школа преобразована в прогимназию с четырехлетним сроком обучения: (Штат 200 учеников)
Преподавателей для военной прогимназии давала учительская семинария, открытая в начале 60-х гг. при Московской военно-начальной школе. Она имела трехлетний курс обучения и комплектовалась лучшими выпускниками военных прогимназий и по экзамену.
С 1874 г. программа военной прогимназии перестроена для подготовки выпускников в юнкерские училища и к приему стали допускаться лица в более старшем возрасте. Программой военной прогимназии за 4 года предусматривалось 96 учебных часов в неделю, из которых на Закон Божий приходилось 10 часов, на русский язык - 19, арифметику и алгебру - 22, геометрию - 8, историю - 7, географию - 9, естествознание - 7, чистописание - 7 и рисование - 7.
Содержание каждого учащегося обходилось в среднем в 1872 г. в 218,1 руб., в 1875 г. - 242,23 руб., в 1879 г. - 261,81 pyб.
Прогимназия выпускала на службу унтер-офицерами, а с 1874 г. - с правами вольноопределяющихся 3-го разряда, а кроме того, переводила своих выпускников в Учительскую семинарию, в военные гимназии и т.д.
В военную прогимназию принимались дети офицеров, чиновников, дворян и почетных граждан - и других сословий, и сначала состав её мало отличался от состава военных гимназий (разве что потомственных дворян было там значительно меньше), но уже к началу 80-х гг. она считалась заведением, принимающими в основном лиц недворянского происхождения.
Закрыта в 1883 г.