***
Мне катастрофически не с кем поговорить, а эмоции зашкаливают - того и гляди взорвутся. Поэтому, если вы не против, - вам на голову, но я предупреждаю: много science.
[Всё равно почитаю]
РНК, которую я последние несколько месяцев выделяю из кровяных клеток человека, очень нестабильна. Так постановила природа: у РНК, которая уже отделилась от ДНК и направилась из ядра клетки по направлению к рибосомам - машинам по производству протеинов - есть считанные минуты на то, чтобы стать протеинами. Либо ими не стать, а значит, деградировать.
Когда мы измеряем RNA expression profile (извините, перехожу на терминологию на английском, потому что переводить каждое слово на русский... я не в том эмоциональном состоянии), мы хотим измерить именно то, что на пути от ядра клетки к рибосомам. Поэтому делать надо всё быстро.
После того, как РНК выделена из клеток, для того, чтобы измерить как она выражена (expressed), её нужно отправить в micro-array center (этот анализ требует наличие дорогостоящего оборудования, поэтому одной, средних размеров лаборатории, такую технику не потянуть).
Однако, в связи с тем, что у меня очень много samples, мы вынуждены замораживать уже выделенную RNA в морозилках при -80. Это единственный способ предотвратить деградацию РНК. Трик заключается в том, что RNA ни в коем случае нельзя размораживать, иначе она мгновенно деградирует.
Когда я только приступила к этому проекту, я ещё не знала, как много тонкостей и нюансов просто жизненно необходимо соблюсти. Я, естественно, слушалась моих руководителей во всём.
Они посоветовали, дабы избежать batching effect (О, это ещё одна vital тонкость!), имеет смысл сделать sample randomization заранее, т.е. заранее, с помощью random number generator, все 537 проб раскидать по разным коробкам. Естественно, сначала на мониторе, а потом постепенно, по мере поступления готовых РНК, заполнять заранее отмеченные в коробках дырочки. "Классная идея", - подумала я, когда принялась за первую кровушку. Сказано - сделано.
Однако, мои руководители не учли тот простой факт, что я не помещаюсь в морозилку, а значит, чтобы положить очередную пробирку в нужную коробочку, мне нужно эту коробочку, в которой уже хранятся ранее положенные пробирки, вынуть из морозилки. На это уходит время и драгоценный образец, который состоявляет всего 11 ul (~ десяти капель) тает! А если она тает, то вы уже знаете, что происходит с RNA - она деградирует.
На протяжении всех этих месяцев я периодически, с тревогой в голосе, намекала своим руководителям, что у нас, похоже, проблема. Однако, они отмахивались и говорили, что всё будет хорошо. Но я знаю, что хорошо уже не будет. РНК, если не полностью, то частично, деградирует. Конечно, точный уровень деградации покажет только специальный RIN анализ, но это не исправит проблему - RNA expression profile, скорее всего, будет искажён и тот анализ, который я так нежно люблю и очень хочу сделать, будет, как минимум, с пониженной reliability.
Переделать - не вариант, потому что, во-первых, ещё несколько сотен тысяч долларов мне никто не даст, а во-вторых, банально просто больше нет крови (ага, в Сиднейском университете ещё те дизайнеры - собрали всего один экземпляр крови для RNA)!
Мораль сей басни такова: если вы в науке, то никогда и никому не доверяйте! Даже профессорам тем, кому вы по идее должны доверять. Понятно, что если вы в науке, то знать всего не можете и ошибки неизбежны (если вы знаете всё, то вы занимаетесь чем угодно, но не наукой), однако, прежде чем за что-то взяться, вы обязаны знать всё, что в вашей области исследования человечество узнало до вас. Конечно, наука - это всегда риск. Но ответственность за неудачу всегда лежит на исследователе. В моём случае я, похоже, должна буду взять ответственность за собственную непредусмотрительность и чужую некомпетентность.
Я выучила свой урок. Этот урок распространяется не только на научную деятельность, но также, в полной мере, на любой аспект нашей жизни:
Живите своими мозгами, принимайте решения, исходя из собственных знаний и постоянно увеличивайте их количество - это позволит принимать максимально оптимальные решения и гордиться собой в случае положительного исхода, а также не будет необходимости искать виноватого в случае неудачи.
[Всё равно почитаю]
РНК, которую я последние несколько месяцев выделяю из кровяных клеток человека, очень нестабильна. Так постановила природа: у РНК, которая уже отделилась от ДНК и направилась из ядра клетки по направлению к рибосомам - машинам по производству протеинов - есть считанные минуты на то, чтобы стать протеинами. Либо ими не стать, а значит, деградировать.
Когда мы измеряем RNA expression profile (извините, перехожу на терминологию на английском, потому что переводить каждое слово на русский... я не в том эмоциональном состоянии), мы хотим измерить именно то, что на пути от ядра клетки к рибосомам. Поэтому делать надо всё быстро.
После того, как РНК выделена из клеток, для того, чтобы измерить как она выражена (expressed), её нужно отправить в micro-array center (этот анализ требует наличие дорогостоящего оборудования, поэтому одной, средних размеров лаборатории, такую технику не потянуть).
Однако, в связи с тем, что у меня очень много samples, мы вынуждены замораживать уже выделенную RNA в морозилках при -80. Это единственный способ предотвратить деградацию РНК. Трик заключается в том, что RNA ни в коем случае нельзя размораживать, иначе она мгновенно деградирует.
Когда я только приступила к этому проекту, я ещё не знала, как много тонкостей и нюансов просто жизненно необходимо соблюсти. Я, естественно, слушалась моих руководителей во всём.
Они посоветовали, дабы избежать batching effect (О, это ещё одна vital тонкость!), имеет смысл сделать sample randomization заранее, т.е. заранее, с помощью random number generator, все 537 проб раскидать по разным коробкам. Естественно, сначала на мониторе, а потом постепенно, по мере поступления готовых РНК, заполнять заранее отмеченные в коробках дырочки. "Классная идея", - подумала я, когда принялась за первую кровушку. Сказано - сделано.
Однако, мои руководители не учли тот простой факт, что я не помещаюсь в морозилку, а значит, чтобы положить очередную пробирку в нужную коробочку, мне нужно эту коробочку, в которой уже хранятся ранее положенные пробирки, вынуть из морозилки. На это уходит время и драгоценный образец, который состоявляет всего 11 ul (~ десяти капель) тает! А если она тает, то вы уже знаете, что происходит с RNA - она деградирует.
На протяжении всех этих месяцев я периодически, с тревогой в голосе, намекала своим руководителям, что у нас, похоже, проблема. Однако, они отмахивались и говорили, что всё будет хорошо. Но я знаю, что хорошо уже не будет. РНК, если не полностью, то частично, деградирует. Конечно, точный уровень деградации покажет только специальный RIN анализ, но это не исправит проблему - RNA expression profile, скорее всего, будет искажён и тот анализ, который я так нежно люблю и очень хочу сделать, будет, как минимум, с пониженной reliability.
Переделать - не вариант, потому что, во-первых, ещё несколько сотен тысяч долларов мне никто не даст, а во-вторых, банально просто больше нет крови (ага, в Сиднейском университете ещё те дизайнеры - собрали всего один экземпляр крови для RNA)!
Мораль сей басни такова: если вы в науке, то никогда и никому не доверяйте! Даже профессорам тем, кому вы по идее должны доверять. Понятно, что если вы в науке, то знать всего не можете и ошибки неизбежны (если вы знаете всё, то вы занимаетесь чем угодно, но не наукой), однако, прежде чем за что-то взяться, вы обязаны знать всё, что в вашей области исследования человечество узнало до вас. Конечно, наука - это всегда риск. Но ответственность за неудачу всегда лежит на исследователе. В моём случае я, похоже, должна буду взять ответственность за собственную непредусмотрительность и чужую некомпетентность.
Я выучила свой урок. Этот урок распространяется не только на научную деятельность, но также, в полной мере, на любой аспект нашей жизни:
Живите своими мозгами, принимайте решения, исходя из собственных знаний и постоянно увеличивайте их количество - это позволит принимать максимально оптимальные решения и гордиться собой в случае положительного исхода, а также не будет необходимости искать виноватого в случае неудачи.