Совпадение? Не думаю...

[shvarz]

SARS нерукотворный? Генеалогия уханьского коронавирусаНаконец дошли руки до этого цикла в шести томах. Не скажу что дотошно прочитал все от начала до конца, но зато самые важные части прочитал внимательно несколько раз

Comments

[irrelative]

"Вместо "всего одной аминокислоты" мы имеем 26 мутаций на небольшом куске из 216 нуклеотидов, т.е. 12% отличий или всего 88% сходство. "

Ну правильно, если бы я переносил ORF из одного организма в другой, я бы обязательно озаботился оптимизацией под новые условия. Хотя бы частоту встречаемости кодонов учел бы - отсюда синонимические замены. Это, конечно, ничего не доказывает, но и не опровергает. Что там с частотой замен в целом по геному?

[evilworder]

хорошая идея - посмотреть, под какого хозяина лучше всего "заточен" набор имеющихся кодонов. и вообще, велика ли разница в частоте встречаемости оных между летучими мышами, панголинами и человеками.

[shvarz]

Это интересная идея. Сравните частоту кодонов и посмотрите, действительно ли эти мутации их оптимизируют?
Впрочем, кого с кем сравнивать? Панголинов с летучими мышами? Или с человеками?

[irrelative]

И что я этим докажу? Что оптимальные для экспрессии белка мутации имеют селективное преимущество? :-)

[shvarz]

Ничего не докажете, потому что даже если совпадет, то либо "ученый был умный", либо "вирус адаптировался". Но посмотреть было бы интересно. Хотя я сомневаюсь что там такие уж большие различия.

[vasja_iz_aa]

в данном случае мы не переносим некий абстрактный кодирующий участок, у вируса есть свой очень похожий на том же месте. поэтому я бы оставил все как есть где это возможно, а где невозможно посмотрел бы в ближайших окрестностях как вирус требуемую аминокислоту пишет, вдруг есть предпочтения. еще вторичную структуру получившейся РНК неплохо проверить

[irrelative]

С этого вы, наверное, начали бы.
Но мы же тут, вроде как, о готовом продукте говорим. Как минимум, полуготовом - если он из лаюоратории самостоятельно сбежал :-)