Вслепую
Я в этом журнале иногда рассказываю о разных последних открытиях в области ВИЧ вакцин, и о обычно в довольно оптимистичном ключе. Но реальность такова, что мы скорее всего очень далеки от подобной вакцины. Недавно я закончил один довольно забавный проект, который для меня довольно наглядно продемонстрировал насколько все... не скажу "плохо"... но допустим - "сложно".
Разработка подавляющего большинства существующих вакцин происходила методом "рационального тыка". Не понимая в деталях того, как именно устроен иммунный ответ и что происходит при вакцинации, исследователи пробовали разные подходы до тех пор, пока не натыкались на что-то работающее. В этом процессе им помогали наблюдения за людьми, которые переболели инфекцией и получили иммунитет к последующим инфекциям - по ним можно было найти корреляцию между некоторыми видами иммунного ответа и защитой от инфекции.
В случае с ВИЧ, методом "тыка" стандартные подходы к разработке вакцин были испытаны и не дали никаких результатов. Переболевших и иммунных к заражению не наблюдается, поэтому ничего о защищающих иммунных механизмах не известно. Поэтому исследователи руководствуются косвенной информацией чтобы создавать вакцины: общими знаниями о биологии вируса и об иммунной системе, результатами полученными на обезьянах, коррелятами контроля уровня вируса в зараженных людях, и (последние несколько лет) коррелятами полученными в клиническом испытании вакцины в Тайланде, которая показала небольшую эффективность. Мнения о том, какие из этих данных больше важны, а какие меньше, каким стоит верить, а каким нет - изрядно разнятся.
Мы решили сделать небольшой опрос о том, какие иммунные механизмы люди считают потенциально важными для защиты от ВИЧ. Для опроса выбрали исследователей, чьи вакцины находится на первой стадии клинических испытаний - самое время сформулировать какой именно иммунный ответ ты пытаешься вызвать своей вакциной. Мы им задали два довольно простых вопроса:
- Какой минимальный иммунный ответ на вашу вакцину должен быть, чтобы вы считали, что ее имеет смысл разрабатывать дальше?
- Какой оптимальный иммунный ответ вы бы надеетесь получить с вашей вакциной в будущем?
Это мы так думали, что вопросы простые. Оказалось, что почти ни один из исследователей не думал о своей вакцине в таком ключе. Ответы варьировались от (я не шучу) "поживем - увидим" до "хороший, мощный ответ" и до "не так важно, главное чтобы лучше, чем у остальных". В большинстве случаев нам приходилось либо беседовать с человеком пару раз по телефону, либо посылать множественные уточняющие емейлы, чтобы получить более-менее интерпретируемый результат в виде списка иммунных параметров.
К сожалению, их первоначальные ответы куда лучше отражают реальное состояние дел, чем то, что мы в итоге из них с большими усилиями выжали. Очень много говорится о необходимости рационального пошагового дизайна вакцин, о необходимости стандартизации методов для объективного сравнения вакцин, об установке критериев сравнения и продвижения вакцин. Но реальность куда более хаотична и продвижение или задержка разработки той или иной вакцины зависит в очень большой степени от целой кучи довольно субъективных факторов - умения исследователя "продать" свои данные, умения наладить сотрудничества с нужными людьми, некоторой "моды" в области в целом и среди финансирующих организаций, и того, как все складывается с конкурентами.
P.S: А полученные нами результаты мы проанализировали сделав Neighbor-joining trees по сходству и отличию упомянутых иммунных ответов, и получили довольно интересные "карты родства" разных разрабатываемых вакцин.
Разработка подавляющего большинства существующих вакцин происходила методом "рационального тыка". Не понимая в деталях того, как именно устроен иммунный ответ и что происходит при вакцинации, исследователи пробовали разные подходы до тех пор, пока не натыкались на что-то работающее. В этом процессе им помогали наблюдения за людьми, которые переболели инфекцией и получили иммунитет к последующим инфекциям - по ним можно было найти корреляцию между некоторыми видами иммунного ответа и защитой от инфекции.
В случае с ВИЧ, методом "тыка" стандартные подходы к разработке вакцин были испытаны и не дали никаких результатов. Переболевших и иммунных к заражению не наблюдается, поэтому ничего о защищающих иммунных механизмах не известно. Поэтому исследователи руководствуются косвенной информацией чтобы создавать вакцины: общими знаниями о биологии вируса и об иммунной системе, результатами полученными на обезьянах, коррелятами контроля уровня вируса в зараженных людях, и (последние несколько лет) коррелятами полученными в клиническом испытании вакцины в Тайланде, которая показала небольшую эффективность. Мнения о том, какие из этих данных больше важны, а какие меньше, каким стоит верить, а каким нет - изрядно разнятся.
Мы решили сделать небольшой опрос о том, какие иммунные механизмы люди считают потенциально важными для защиты от ВИЧ. Для опроса выбрали исследователей, чьи вакцины находится на первой стадии клинических испытаний - самое время сформулировать какой именно иммунный ответ ты пытаешься вызвать своей вакциной. Мы им задали два довольно простых вопроса:
- Какой минимальный иммунный ответ на вашу вакцину должен быть, чтобы вы считали, что ее имеет смысл разрабатывать дальше?
- Какой оптимальный иммунный ответ вы бы надеетесь получить с вашей вакциной в будущем?
Это мы так думали, что вопросы простые. Оказалось, что почти ни один из исследователей не думал о своей вакцине в таком ключе. Ответы варьировались от (я не шучу) "поживем - увидим" до "хороший, мощный ответ" и до "не так важно, главное чтобы лучше, чем у остальных". В большинстве случаев нам приходилось либо беседовать с человеком пару раз по телефону, либо посылать множественные уточняющие емейлы, чтобы получить более-менее интерпретируемый результат в виде списка иммунных параметров.
К сожалению, их первоначальные ответы куда лучше отражают реальное состояние дел, чем то, что мы в итоге из них с большими усилиями выжали. Очень много говорится о необходимости рационального пошагового дизайна вакцин, о необходимости стандартизации методов для объективного сравнения вакцин, об установке критериев сравнения и продвижения вакцин. Но реальность куда более хаотична и продвижение или задержка разработки той или иной вакцины зависит в очень большой степени от целой кучи довольно субъективных факторов - умения исследователя "продать" свои данные, умения наладить сотрудничества с нужными людьми, некоторой "моды" в области в целом и среди финансирующих организаций, и того, как все складывается с конкурентами.
P.S: А полученные нами результаты мы проанализировали сделав Neighbor-joining trees по сходству и отличию упомянутых иммунных ответов, и получили довольно интересные "карты родства" разных разрабатываемых вакцин.