Вирус-оборотень

[shvarz]

Совершенно зашиваюсь последние недели две и на работе и дома, но расскажу вам интересную историю с недавней конференции.

Группа Марио Родерера тестировала идею ВИЧ-вакцины на макаках. Одним из подходов для того, чтобы понять как вакцина работает, является так называемый sieve analysis. Это довольно сложный биоинформационный анализ генетических

Comments

[geterogen]

Плохие новости, как для "читерского вируса". Может ли он, имея подобные механизмы, выйти за пределы иммунной системы?

[shvarz]

Вряд ли получится полностью выйти, но интересный эффект получается, в том что большая часть вирусного белка присутствует в одной форме и иммунный ответ наверняка фокусируется на ней, а для инфекции может использоваться вторая редкая форма.

[geterogen]

Вот [censored]. А стратегия очень хороша. Охота на живца, получается.

[shvarz]

Для ВИЧ это вообще довольно стандартная стратегия, у него белок оболочки очень нестабильный и он легко разваливается на составляющие компоненты, которые вне полного комплекса конформацию меняют и к тому же демонстрируют иммунной системе участки вируса, к которым на живом вирусе все равно не подобраться.

[mary_spiri]

Мне такое соотношение напоминает сдвиг рамки при трансляции (translational frameshifting), когда на РНКовой матрице есть псевдоузел (pseudoknot), который тормозит рибосому. А застряв, оная рибосома делает шаг назад на один нуклеотид, и в результате образуется либо урезаный белок (а матрица идет в топку), либо - белок с новой последовательностью (редко, но бывает). Есть дрожжевые вирусы, которые создают себе правильную стехиометрию белков оболочки именно таким образом, так что похоже.

[shvarz]

Это частый прием у РНК-овых вирусов, когда надо много информации в маленький геном впихнуть. У ВИЧ и других ретровирусов тоже есть, так регулируется 10:1 стехиометрия между структурными белками и ферментами. А белок оболочки регулируется через сплайсинг.

[friendlystrnger]

мой pattern recognition сработал :)
progenes пишет:
"Оказалось, что на ДНК, которая вовсе не шнурок, а клубок, эта некодирующих часть гена FTO делает петлю, которая и взаимодействует с промотором совсем другого гена Irx3, усиливая его экспрессию. А уже ген Irx3 непосредственно регулирует вес. Кодирующая часть гена FTO к ожирению отношения не имеет вообще."

[rusty_spur]

Красота.
Мало того, что РНК не точно реплицируется, так еще похоже удается получать два комплекта несовместимых белков. Интересно, чем два вируса, каждый со своим вариантом белков оболочки эффективнее вируса с двумя вариантами одновременно?

[shvarz]

Не понял вопроса. Предполагается (хотя совершенно не подтверждено ничем экспериментально), что вирионы не разделяют два этих типа белка оболочки, а пакуют их случайно.

[rusty_spur]

Я то наоборот предположил, что вирионы то как раз разделяют, и если вирион начал паковать чувствительную форму, то устойчивая уже не пристроится.

Интересно посмотреть на соотношение концентраций белков чувствительной и устойчивой форм.

[shvarz]

До таких деталей не дошли, но собираются разбираться в чем там дело. Если упаковка случайна, то, как я написал, соотношение должно быть примерно 1:100. Если не случайна, то 1:1 может быть.

[zhevago]

откуда он знает что это смесь двух вирусов, он их может как то разделить? работа опубликована?

[shvarz]

График нейтрализации выглядит как стандартная нейтрализация, но maxes out на 50%. Оставшиеся 50% нейтрализуются реагентами вроде soluble CD4. Нет, по-моему еще не опубликована.

[shvarz]

У меня, честно говоря, есть подозрения что они там просто чего-то накосячили и что это артефакт, но я не могу придумать что именно это может быть. Плюс они уже потестировали это дело с самых разных сторон.

[zhevago]

А, ну просто наличие плато в нейтрализации само по себе не доказывает, что там две популяции. Скорее, просто низкая эффективность антител в сыворотке: они больше 50% не блокируют, сколько их не добавляй.

[gegmopo4]

Получить точно 50/50 как комбинацию двух независимых параметров - это очень подозрительно. Выглядит более вероятным, что что-то «внутри» переключается с 50% вероятностью и потом все белки оболочки получаются одного или другого типа. Или вообще, «щёлкает» не белками оболочки, а какой-то другой механизм, необходимый для проникновения и запуска размножения.

[shvarz]

Да, меня тоже 50-50 смутило, но в других клеточных линиях они видят немного другие соотношения 60-40, 70-30.