Random drift of HIV populations in culture

[shvarz]

Пока я тут на лыжах катаюсь, у меня статья вышла: Random drift of HIV populations in culture. Она в свободном доступе, так что читайте

Comments

Об эффективном размере популяции

[artemn]

Начну я из далека, чтобы к концу добраться до сути моих «претензий

Re: Об эффективном размере популяции

[artemn]

Рассмотрим теперь вторую модель, модель Морана. Пусть у меня снова есть мешок шаров синих и красных численностью M. Я жду экспоненциально распределенный момент времени (случайный), опускаю в мешок руку, вытаскиваю шар и говорю, что этот шар дал потомство - добавляю еще один шар такого же цвета. При этом число шаров становится M+1, и я снова засовываю руку и вытаскиваю один шар, и говорю - это этот индивидуум мертв. Снова жду экспоненциально распределенный момент времени и все сначала. У меня появляется модель с перекрывающимися поколениями. Для этой модели я также могу вычислять множество разных вещей (исторически эта модель более старая, чем РФ, но математически гораздо более легкая, так как тут получается процесс рождения и гибели, прыжки системы разрешены только на "влево" или "вправо"), например озабочусь вероятностью фиксации единичного нейтрального мутанта. Эта вероятность будет равна 1/M, как и для модели Райта-Фишера. Можно также вычислить распределения числа, например, синих шаров через M рождений (естественная единица

Re: Об эффективном размере популяции

[vasja_iz_aa]

Я вижу, математичская подготовка у Вас серьезная. А популяционную биологию Вы сами изучали или Вам кто-нибуть помогал?

Re: Об эффективном размере популяции

[artemn]

А популяционную биологию Вы сами изучали или Вам кто-нибуть помогал?

Специальных курсов я не слушал, если вопрос об этом. Есть множество замечательных книг. Часть из них однако довольно сильно математизированы. Но читать надо параллельно, по-моему. Толстый учебник для биологов (типа Хартл, Кларк) и математически ориентированную книгу (лучший вариант с моей точки зрения это Эванс, Warren John Ewens). Ну а если заморачиваться особо не хочется, то лучше всего взять тоненькую книгу Гиллеспая, там все важное есть.

Re: Об эффективном размере популяции

[vasja_iz_aa]

Спасибо. Значит я правильно догадался.

Я не думаю, что тонкую брошюрку почитать -- это лучше. Лучше со специалистами побеседовать, с живыми.

Re: Об эффективном размере популяции

[artemn]

Если я правильно помню, то в этой брошюрке замечательно объяснены все ключевые вещи, включая эффективный размер популяции. Плюс автор построил изложение так, что к каждой главке надо читать какую-либо классическую статью по популяционной биологии. Замечательная книга. Несмотря на то, что Кимура Гиллеспаю до конца жизни пе подавал руки :)

Спасибо. Значит я правильно догадался.

Я еще уточню, что занимаюсь вопросами популяционной генетики профессионально (в смысле, за деньги).

Re: Об эффективном размере популяции

[vasja_iz_aa]

Гиллиспай, если я ничего не путаю, был одним из первых кто показал, что концепция Кимуры хоть и выглядит разумно для некоторых простых моделей, но не расширяма на эволюцию живого и потому СТЭ вовсе не хоронит. Неудивительно, что честолюбивый Кимура обиделся.

Я очень рад, что Вам удается зарабатывать деньги любимым Вами профессиональным занятием.

О Гиллеспае и Кимуре

[artemn]

Во-первых надо отметить, что никто ничего не показал :) споры велись, ведуться, и, думается, будут вестись. Майкл Линч, например, недавно опубликовал книгу, в которой он нейтральными моделями объясняет вообще все что можно в архитектуре генома.

Честолюбивый Кимура обиделася на разгромную рецензию Гиллеспая в Саянс на его книгу 1983 года. Рецензия на самом деле довольно хамская, а уж по меркам самураев должно быть вовсе оскорбительная.

Я очень рад, что Вам удается зарабатывать деньги любимым Вами профессиональным занятием.

Спасибо, но я предпочел бы закончить обсуждение меня и перейти к более интересным вопросам, если у вас есть что сказать по предмету моих первых двух постов.

Re: О Гиллеспае и Кимуре

[vasja_iz_aa]

Про во-первых я бы посоветовал Вам посмотреть ну вот эту, например, публикацию. Если Вы ее, конечно, прежде не читали.
Gene. 2000 Dec 30;261(1):27-33. Neutralism and selectionism: the molecular clock. Ayala FJ.

А по предмету Ваших первых двух постов Вам наверное хозяин журнала сам захочет ответить. Зачем же я буду лишать его удовольствия.

Re: О Гиллеспае и Кимуре

[artemn]

Статью посмотрю, спасибо. В качестве контаргумента в этом бессмысленном споре я приведу цитату из неплохого учебника по молекулярной биологии за авторством Graur и Li:

There are only two predictions we are willing to make about the future of molecular evolution. The first concerns old controversies. Issues such as the neutralist-selectionist controversy or the antiquity of introns, will continue to be debated with varying degrees of ferocity, and roars of "The Neutral Theory Is Dead" and "Long Live the Neutral Theory" will continue to reverberate, sometimes in the title of a single article.

Re: Об эффективном размере популяции

[artemn]

Вклад дрейфа определяется обычно в модели Райта-Фишера величиной Ns, где s селективное преимущество. Вы анализируете данные и оцениваете дисперсию числа потомков ваших лабораторных вирусов.

Просмотрел вашу статью снова и понял, что вот тут я написал глупость. У вас просто по определению "величина генетического дрифта" есть дисперсия числа потомков данного аллеля. И никаких скоростей эволюции и вероятностей фиксации вы не вычисляете.

Re: Об эффективном размере популяции

[shvarz]

Так я не понял - никаких ошибок таки нет, или вы все еще считаете, что там что-то неправильно?

Кстати, о строгом математическом определении: Вы привели строгое математическое определение variance effective pop.size, а я говорил о effective pop.size. Для первого действительно есть строгое определение, а я говорил о вотором, для которого - нет. Обычно когда говорят effective pop.size, то имеют в виду variance effective pop.size, но не всегда. Отсюда и "эфемерность" этого понятия в биологии (в биологии вообще, популяционные биологи более корректно к этому подходят).

Re: Об эффективном размере популяции

[artemn]

Это я перепутал :(

Меня сбили с толку слова о "количестве генетического дрейфа", которые для меня звучат еретически. Только со второго просмотра я понял, что именно вы имеете ввиду.

Re: Об эффективном размере популяции

[shvarz]

Хм, а как еще это можно сказать? Я вообще по-разному представлял эти данные людям. Сначала оперировал исключительно терминами variance effective population size, там можно говорить про больший/меньший размер, но неподготовленной аудитории это очень трудно воспринимать, все путаются и не понимают, почему размер популяции не постоянен. В итоге я перевернул формулу и стал говорить о variance, но это вообще звучит для среднего биолога пугающе. Отсюда и "amount of genetic drift" - может не самая красивая фраза, но смысл, на мой взгляд, передает достаточно точно.

Re: Об эффективном размере популяции

[artemn]

Ну просто дело в том, что генетический дрейф не померить. Нет единиц измерения для него. Можно говорить о роли дрейфа в эволюции. Предполагается, что в модели РФ чем больше размер популяции, тем меньше случайные эффекты влияют на фиксацию не нейтральных генов (для нейтральных генов размер популяции не важен). Так вот моя претензия была, что вы как бы утверждаете, что очень сильное влияние оказывают случайные силы в эволюции вируса, но строго говоря variance effective population size об этом говорит недостаточно. (это я так misinterpreted вашу статью сначала)

Я бы лично предпочел при чтении, если бы везде var. effective pop. s. стояло, но я понимаю и ваши доводы.

Re: Об эффективном размере популяции

[vasja_iz_aa]

почему же нельзя дрейф померить? его точно так же можно померить, как и кривую монету - как вероятность того, что через N поколений у нас аллель в некоторой популяции изчезнет