23andme
Какое-то время назад мне захотелось порезвиться с 23andme, и путём известных манипуляций я таки доставил заплёванную пробирку в Штаты, где её и анализировали. К сожалению, странные штатовские комиссии запретили делать какой бы то ни было анализ здоровья на основе этого самого анализа ДНК, поэтому показывают только информацию о происхождении. Конечно, узнать свою гаплогруппу и то, что у меня откуда-то взялось 15% балканской крови, было забавно, но хотелось наковырять побольше.
Поиск в интернетах дал какие-то сервисы, которые выдают нечитаемое нечто, и платные сервисы. Платить 15 баксов по текущим курсам не особенно хотелось, поэтому за вечер накидал скрипт, который на основе SNPedia и сырых данных с 23andme вытаскивал бы самую интересную информацию.
Логика была простая: из всего моего генотипа снпедия знает примерно 20 тысяч различных SNP, надо их отфильтровать, оставив только то, что имеет какое-то значение. Поэтому в первую очередь резались те гены, про которые нет информации, или комбинация аллелей говорит, что это что-то стандартное ("normal", "average" и т.п.). Из тех генов, которые присутствуют, но информации по отдельным комбинациям аллелей в базе нет, я решил оставить только 10% с самым длинным описанием, решив, что про что-то интересное напишут много, а не две ссылки на исследования.
Оставшееся уже можно было как-то читать (хотя всё равно надо ходить по ссылкам, потому что заполнение шаблонов в снпедии хромает). Как оказалось, надо было резать ещё и всю информацию по вероятным заболеваниям, потому что нельзя просто так брать и интерпретировать то, что там написано. Например, для какого-нибудь рака будет пачка генов, дающих "slightly increased risk of breast cancer", "slightly increased risk of breast cancer", "slightly decreased risk of breast cancer", "1.3x increased risk", "1.9x increased risk", "0.23x decreased risk". Что делать с этими коэффициентами, перемножать, брать среднее арифметическое, или брать максимальный? Опять же, непонятен вклад всех этих slightly. Вдобавок, никто же не знает, базовое значение риска до модификаций, чтобы знать опасность после множителя. А так, конечно, у меня штук пять разных раков, если перемножить коэффициенты дают множители вплоть до 10x. Так что если я вдруг от рака умру, имейте в виду, это генетика.
Поэтому я из своих результатов ввсе записи про "risk" безжалостно вырезал, а из скрипта не стал, на случай, если кто-то на него наткнётся и захочет конкретные заболевания у себя изучать. В сухом остатке осталось около двухста записей, из которых можно было накопать что-нибудь смешное. На самом деле это всё действительно больше похоже на гадание, потому что, например, практически все соответсвующие гены в один голос утверждали, что я должен быть голубоглазым блондином, практически истинный ариец, ещё один ген говорил, что есть шанс на серые глаза. Поскольку поляки с уверенностью называют мой цвет глаз "piwne" - "пивные" - что в русском означает "какие-то жёлто-зелёные", то видно, что генетика их цвет нифига не угадывает. Так что осталось только ловить лулзы.
Вот например, Rs910316(G;G) говорит, что мой рост аж на 0.68см выше, чем мог бы быть с другой комбинацией этого гена. Целых 6.8мм, представляете? А мог бы быть ещё большим коротышкой.
Много прогнозов моего долголетия:
Самая, конечно, любимая тема - это алкоголизм и наркотики:
И самые лучшие персонажи моего хитпарада - это зависимости, про которые хочется только спросить, КАК авторы исследований их обнаружили:
Зато про кинзу, видимо, чистая правда. Мне правда чаще заявляли, что она пахнет клопами, а не мылом, но в любом случае, по мне кинза вполне ок. Это всё осетинская кровь, я знаю.
Поиск в интернетах дал какие-то сервисы, которые выдают нечитаемое нечто, и платные сервисы. Платить 15 баксов по текущим курсам не особенно хотелось, поэтому за вечер накидал скрипт, который на основе SNPedia и сырых данных с 23andme вытаскивал бы самую интересную информацию.
Логика была простая: из всего моего генотипа снпедия знает примерно 20 тысяч различных SNP, надо их отфильтровать, оставив только то, что имеет какое-то значение. Поэтому в первую очередь резались те гены, про которые нет информации, или комбинация аллелей говорит, что это что-то стандартное ("normal", "average" и т.п.). Из тех генов, которые присутствуют, но информации по отдельным комбинациям аллелей в базе нет, я решил оставить только 10% с самым длинным описанием, решив, что про что-то интересное напишут много, а не две ссылки на исследования.
Оставшееся уже можно было как-то читать (хотя всё равно надо ходить по ссылкам, потому что заполнение шаблонов в снпедии хромает). Как оказалось, надо было резать ещё и всю информацию по вероятным заболеваниям, потому что нельзя просто так брать и интерпретировать то, что там написано. Например, для какого-нибудь рака будет пачка генов, дающих "slightly increased risk of breast cancer", "slightly increased risk of breast cancer", "slightly decreased risk of breast cancer", "1.3x increased risk", "1.9x increased risk", "0.23x decreased risk". Что делать с этими коэффициентами, перемножать, брать среднее арифметическое, или брать максимальный? Опять же, непонятен вклад всех этих slightly. Вдобавок, никто же не знает, базовое значение риска до модификаций, чтобы знать опасность после множителя. А так, конечно, у меня штук пять разных раков, если перемножить коэффициенты дают множители вплоть до 10x. Так что если я вдруг от рака умру, имейте в виду, это генетика.
Поэтому я из своих результатов ввсе записи про "risk" безжалостно вырезал, а из скрипта не стал, на случай, если кто-то на него наткнётся и захочет конкретные заболевания у себя изучать. В сухом остатке осталось около двухста записей, из которых можно было накопать что-нибудь смешное. На самом деле это всё действительно больше похоже на гадание, потому что, например, практически все соответсвующие гены в один голос утверждали, что я должен быть голубоглазым блондином, практически истинный ариец, ещё один ген говорил, что есть шанс на серые глаза. Поскольку поляки с уверенностью называют мой цвет глаз "piwne" - "пивные" - что в русском означает "какие-то жёлто-зелёные", то видно, что генетика их цвет нифига не угадывает. Так что осталось только ловить лулзы.
Вот например, Rs910316(G;G) говорит, что мой рост аж на 0.68см выше, чем мог бы быть с другой комбинацией этого гена. Целых 6.8мм, представляете? А мог бы быть ещё большим коротышкой.
Много прогнозов моего долголетия:
- Rs2542052(C;C) better odds of living to 100
- Rs1042522(C;C) Live 3 years longer. Chemotherapy is more effective.
- Rs2802292(G;T) One copy of longevity gene. Slightly increased lifespan.
- Rs17070145(C;C) reduced memory abilities - чтобы долгая жизнь была хотя бы интересной
- Rs53576(A;G) lack of empathy
- Rs6012564(A;G) increased proneness to anger
- Rs4570625(G;G) higher scores on anxiety-related personality traits; greater placebo response
- Rs4606(C;G) complex; possible association with anxiety related behaviours
- Rs1800955(C;T) increased susceptibility to novelty seeking
Самая, конечно, любимая тема - это алкоголизм и наркотики:
- Rs1229984(G;G) normal; more frequent alcohol consumption
- Rs2952768(C;T) slightly less drug dependence, decreased effectiveness of analgesics
- Rs27072(C;T) Lower risk of alcohol withdrawal seizures, and perhaps lower odds of ADHD.
- Rs806380(A;A) Normal genotype. slightly higher odds of cannabis dependence
- Rs9387522(A;C) increased risk of cocaine induced paranoia.
И самые лучшие персонажи моего хитпарада - это зависимости, про которые хочется только спросить, КАК авторы исследований их обнаружили:
- Rs4481887(G;G) least likely to be able to smell asparagus metabolites in urine
- Rs72921001(A;C) Less likely to think cilantro tastes like soap
- Rs17822931(C;T) Wet earwax. Slightly better body odour.
Зато про кинзу, видимо, чистая правда. Мне правда чаще заявляли, что она пахнет клопами, а не мылом, но в любом случае, по мне кинза вполне ок. Это всё осетинская кровь, я знаю.